PDB-3b2e: Crystal structure of S. cerevisiae Get3 in the open conformation ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b2e

タイトル

Crystal structure of S. cerevisiae Get3 in the open conformation in complex with Get1 cytosolic domain

要素

ATPase GET3
Golgi to ER traffic protein 1

キーワード

HYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN / Protein-protein interaction / receptor complex / HYDROLASE / TRANSPORT PROTEIN / ADP binding / Coild-coil / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

establishment of protein localization to endoplasmic reticulum membrane / GET complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / response to arsenic-containing substance / response to metal ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Kubota, K. / Yamagata, A. / Fukai, S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Get1 stabilizes an open dimer conformation of get3 ATPase by binding two distinct interfaces
著者: Kubota, K. / Yamagata, A. / Sato, Y. / Goto-Ito, S. / Fukai, S.

履歴

登録	2011年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b2e.cif.gz	309.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b2e.ent.gz	250.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3b2e_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3b2e_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	3b2e_validation.xml.gz	65.4 KB	表示
CIF形式データ	3b2e_validation.cif.gz	86.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/3b2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/3b2e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vlcC 3a36S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zs8-d 2vca-d 4e3e-1 2vc9-d 4a4a-d 3pzl-d 4e3e-2 4qxm-d 4glf-1 2vcc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATPase GET3

E: Golgi to ER traffic protein 1

B: ATPase GET3

F: Golgi to ER traffic protein 1

C: ATPase GET3

G: Golgi to ER traffic protein 1

D: ATPase GET3

H: Golgi to ER traffic protein 1

ヘテロ分子

204 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATPase GET3

E: Golgi to ER traffic protein 1

B: ATPase GET3

F: Golgi to ER traffic protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ATPase GET3

G: Golgi to ER traffic protein 1

D: ATPase GET3

H: Golgi to ER traffic protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.338, 167.663, 244.571
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	ATPase GET3 分子量: 40522.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: NRRL Y-53 / プラスミド: PETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q12154*PLUS, EC: 3.6.3.16
#2: タンパク質	Golgi to ER traffic protein 1 / Guided entry of tail-anchored proteins 1 / Mitochondrial distribution and morphology protein 39 分子量: 10064.349 Da / 分子数: 4 / Fragment: Get1 cytosolic domain, UNP residues 20-103 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GET1 / プラスミド: PETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P53192
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAIN A, B, C, D WHICH DERIVES FROM STRAIN NRRL Y-53 DOES NOT ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAIN A, B, C, D WHICH DERIVES FROM STRAIN NRRL Y-53 DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 13.5% PEG3350, 0.18 M tri-sodium citrate, 9% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 44560 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / R_merge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 87.2

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
MOLREP	位相決定
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3A36

3a36

解像度: 3→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.306	2231	RANDOM
R_work	0.274	-	-
all	-	44435	-
obs	-	44435	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12038	0	108	0	12146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.45

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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