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- PDB-3b29: Human leukotriene C4 synthase in complex with dodecyl-beta-D-sele... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b29
タイトルHuman leukotriene C4 synthase in complex with dodecyl-beta-D-selenomaltoside
要素Leukotriene C4 synthase
キーワードLYASE / membrane protein / helix bundle / homo trimer / mGST / MAPEG
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / glutathione peroxidase activity ...Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / glutathione peroxidase activity / leukotriene biosynthetic process / nuclear outer membrane / long-chain fatty acid biosynthetic process / glutathione transferase activity / enzyme activator activity / nuclear envelope / nuclear membrane / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
5-lipoxygenase-activating protein / FLAP/GST2/LTC4S, conserved site / FLAP/GST2/LTC4S family signature. / : / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Chem-LSM / Leukotriene C4 synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Saino, H. / Ago, H. / Miyano, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Seleno-detergent MAD phasing of leukotriene C4 synthase in complex with dodecyl-beta-D-selenomaltoside
著者: Saino, H. / Ago, H. / Ukita, Y. / Miyano, M.
履歴
登録2011年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月2日Group: Database references
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6838
ポリマ－17,4121
非ポリマー3,2717
水543
1
A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子

A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子

A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,04824
ポリマ－52,2353
非ポリマー9,81421
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation24_654-y+1,-z+1/2,x-1/21
crystal symmetry operation30_565z+1/2,-x+1,-y+1/21
Buried area9670 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area19070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.594, 168.594, 168.594
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-206-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Leukotriene C4 synthase / LTC4 synthase / Leukotriene-C(4) synthase


分子量: 17411.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTC4S / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q16873, leukotriene-C4 synthase
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 糖
ChemComp-LSM / dodecyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-seleno-beta-D-glucopyranoside / DODECYL-BETA-D-SELENOMALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 573.576 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C24H46O10Se
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES-NaOH, 1.6M ammonium sulfate, 0.4M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.97909, 0.97938, 0.97600, 0.98300
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月7日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979091
20.979381
30.9761
40.9831
反射解像度: 3.2→26.6 Å / Num. obs: 6018 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.125
反射 シェル最高解像度: 3.2 Å / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Num. unique all: 6018 / % possible all: 89.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→25.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 10.637 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20948 277 4.6 %RANDOM
Rwork0.20295 ---
all0.20325 ---
obs0.20325 5738 90.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.642 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→25.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1066 0 112 3 1181
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0221210
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.5112.0641636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.6625143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.9721.08137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.98215156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.148156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0320.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4341711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94521122
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5693499
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6994.5513
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.202→3.573 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 76 -
Rwork0.216 1485 -
obs-1485 83.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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