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- PDB-3b07: Crystal structure of octameric pore form of gamma-hemolysin from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b07
タイトルCrystal structure of octameric pore form of gamma-hemolysin from Staphylococcus aureus
要素
  • Gamma-hemolysin component A
  • Gamma-hemolysin component B
キーワードTOXIN / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-hemolysin component B / Gamma-hemolysin component A / Gamma-hemolysin component B
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.495 Å
データ登録者Yamashita, K. / Kawai, Y. / Tanaka, Y. / Yao, M. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the octameric pore of staphylococcal gamma-hemolysin reveals the beta-barrel pore formation mechanism by two components
著者: Yamashita, K. / Kawai, Y. / Tanaka, Y. / Hirano, N. / Kaneko, J. / Tomita, N. / Ohta, M. / Kamio, Y. / Yao, M. / Tanaka, I.
履歴
登録2011年6月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月21日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-hemolysin component B
C: Gamma-hemolysin component B
E: Gamma-hemolysin component B
G: Gamma-hemolysin component B
B: Gamma-hemolysin component A
D: Gamma-hemolysin component A
F: Gamma-hemolysin component A
H: Gamma-hemolysin component A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,24212
ポリマ－273,7708
非ポリマー4734
水8,089449
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34670 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area95190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)206.454, 206.141, 190.299
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Gamma-hemolysin component B / protomer F / H-gamma-1 / H-gamma-I


分子量: 35256.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: SAV2421 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q931F3, UniProt: A0A0H3JX61*PLUS
#2: タンパク質
Gamma-hemolysin component A / protomer S / H-gamma-2 / H-gamma-II


分子量: 33186.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: SAV2419 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P0A071
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Sodium acetate, ammonium acetate, MPD, pH 4.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -k,-h,-l / Fraction: 0.443
反射解像度: 2.49→43.298 Å / Num. obs: 138838 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 39.415 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 14.32
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.49-2.650.5850.6513.4714770422483216600.70396.3
2.65-2.830.4070.4245.0915412121109209190.45699.1
2.83-3.050.2550.267.7815108519743196030.27999.3
3.05-3.340.150.1611.9114295518180180610.17199.3
3.34-3.730.0830.118.1412985516482163990.10799.5
3.73-4.310.0540.07223.5511412314585145130.07899.5
4.31-5.260.0360.05729.239657412396123550.06199.7
5.26-7.390.0410.06126.2775664973697040.06699.7
7.39-440.0270.04232.5442251568956240.04598.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_617精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BSSデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1LKF, 2QK7 and 3ANZ

1lkf

2qk7

3anz


解像度: 2.495→43.298 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 位相誤差: 47.32 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2364 3992 2.88 %RANDOM (LATTICE SYMMETRY CONSIDERED)
Rwork0.2068 ---
obs-138828 98.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.436 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 129.05 Å2 / Biso mean: 43.5237 Å2 / Biso min: 5.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.5408 Å2-0 Å20 Å2
2---17.2704 Å20 Å2
3---30.8111 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.495→43.298 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17896 0 32 449 18377
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00918356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12524828
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0612608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5436744
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4963-2.53930.40251900.30136286647691
2.5393-2.58550.32551980.27916701689996
2.5855-2.63520.27512000.26486681688196
2.6352-2.6890.31681960.25436655685196
2.689-2.74740.29311970.25676717691496
2.7474-2.81130.31950.2516728692396
2.8113-2.88160.27661950.22626703689896
2.8816-2.95940.25551970.21266689688696
2.9594-3.04650.261950.21296744693996
3.0465-3.14470.26971970.22476693689097
3.1447-3.25710.23481950.22146759695497
3.2571-3.38740.26442030.21076743694696
3.3874-3.54140.25281970.19726752694997
3.5414-3.72790.20931980.19136753695197
3.7279-3.96120.18972010.18826787698897
3.9612-4.26660.19512000.18226776697697
4.2666-4.69510.19712030.17316814701797
4.6951-5.37260.19542000.18496832703297
5.3726-6.76130.24022010.22336887708897
6.7613-35.71360.21062040.18547102730697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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