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万見
- PDB-3b02: Crystal structure of TTHB099, a transcriptional regulator CRP fam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b02
タイトルCrystal structure of TTHB099, a transcriptional regulator CRP family from Thermus thermophilus HB8
要素Transcriptional regulator, Crp family
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / cyclic nucleotide monophosphate-binding domain / Helix-turn-helix DNA-binding motif / Bacterial regulatory proteins / CRP family / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / protein homodimerization activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator LdrP
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Agari, Y. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: X-ray crystal structure of TTHB099, a CRP/FNR superfamily transcriptional regulator from Thermus thermophilus HB8, reveals a DNA-binding protein with no required allosteric effector molecule
著者: Agari, Y. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A.
履歴
登録2011年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2011年6月15日ID: 2ZDB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月14日Group: Database references
改定 1.32013年6月19日Group: Database references
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, Crp family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1731
ポリマ－22,1731
非ポリマー00
水2,630146
1
A: Transcriptional regulator, Crp family

A: Transcriptional regulator, Crp family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3472
ポリマ－44,3472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_645-x+5/4,z-1/4,y+1/41
Buried area3660 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.626, 147.626, 147.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, Crp family


分子量: 22173.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHB099 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53W63
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 18% Polyacrylic Acid 5100, 0.1M HEPES, 0.1M Magnesium Chloride, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月13日
詳細: A fixed exit Si double crystal monochromator followed by a two dimensional focusing mirror which is coated in rhodium.
放射モノクロメーター: Fixed exit Si double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 21153 / 冗長度: 50.6 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 88.3
反射 シェル解像度: 1.92→1.98 Å / 冗長度: 46 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 20.6 / Num. unique all: 1643 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZCW

2zcw


解像度: 1.92→46.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 5847318.73 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 2088 9.9 %RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.187 21130 --
obs0.183 21130 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.1011 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→46.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1559 0 0 146 1705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it9.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.612.5
LS精密化 シェル解像度: 1.92→2.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 323 9.6 %
Rwork0.194 3035 -
obs-3358 96.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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