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万見
- PDB-3ayl: X-ray crystal structures of L-phenylalanine oxidase (deaminating ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ayl
タイトルX-ray crystal structures of L-phenylalanine oxidase (deaminating and decaboxylating) from Pseudomonas sp. P501. Structures of the enzyme-ligand complex and catalytic mechanism
要素Pro-enzyme of L-phenylalanine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-PHENYLALANINE OXIDASE / AMINO ACID OXIDASE / FLAVOENZYME / L-Met Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine 2-monooxygenase / phenylalanine 2-monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #60 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / METHIONINE / Phenylalanine 2-monooxygenase precursor
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Suzuki, H.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2011
タイトル: High resolution X-ray crystal structures of L-phenylalanine oxidase (deaminating and decarboxylating) from Pseudomonas sp. P-501. Structures of the enzyme-ligand complex and catalytic mechanism
著者: Ida, K. / Suguro, M. / Suzuki, H.
履歴
登録2011年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pro-enzyme of L-phenylalanine oxidase
B: Pro-enzyme of L-phenylalanine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,04510
ポリマ－155,7992
非ポリマー2,2468
水40,0112221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area42500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.269, 112.843, 136.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pro-enzyme of L-phenylalanine oxidase


分子量: 77899.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア) / 株: P-501 / 遺伝子: propao / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5W9R9, phenylalanine 2-monooxygenase

-
非ポリマー , 5種, 2229分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES PH 7.5, 1.0M AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→36.27 Å / Num. obs: 415723 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YR4

2yr4


解像度: 1.25→36.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 0.77 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.128 20873 5 %RANDOM
Rwork0.099 ---
obs0.101 394789 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→36.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10424 0 146 2221 12791
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.02210844
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2981.96414818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.183.00117220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.67751362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.87623.262466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.868151564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6591572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.21638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022260
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2690.22462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2280.28183
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.25424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.25398
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2380.21574
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1540.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1280.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2320.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.310.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8171.58580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8971.52770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.356210904
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9434787
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3384.53914
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.37322274
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.58452221
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.962517686
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.16 1565 -
Rwork0.125 29322 -
obs--98.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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