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万見
- PDB-3axj: High resolution crystal structure of C3PO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3axj
タイトルHigh resolution crystal structure of C3PO
要素
  • GM27569p
  • Translin associated factor X, isoform B
キーワードDNA BINDING PROTEIN / translin/trax heterodimer / passenger RNA cleavage / RNase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / behavioral response to starvation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / RNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RNA endonuclease activity / single-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / protein stabilization / protein homodimerization activity ...negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / behavioral response to starvation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / RNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RNA endonuclease activity / single-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / protein stabilization / protein homodimerization activity / RNA binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translin; domain 2 / Translin; domain 1 / Translin, N-terminal / Translin, C-terminal / Translin / Translin family / Translin superfamily / Translin family / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Translin / Translin-associated protein X / Translin-associated protein X
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yuan, Y.A. / Yang, X.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: High resolution crystal structure of C3PO
著者: Yuan, Y.A. / Yang, X.
履歴
登録2011年4月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GM27569p
B: Translin associated factor X, isoform B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4812
ポリマ－63,4812
非ポリマー00
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.676, 114.720, 123.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 GM27569p / Translin


分子量: 28864.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: trsn, translin, CG11761, Dmel_CG11761 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7JVK6
#2: タンパク質 Translin associated factor X, isoform B / Trax


分子量: 34617.020 Da / 分子数: 1 / Mutation: E126Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Trax, Dmel_CG5063 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8INE1, UniProt: Q9VF77*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG, Cacodylate, Mg2+, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月20日
放射モノクロメーター: 360 degree with 1 degree oscillation
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 40060 / Num. obs: 40056 / % possible obs: 99.39 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→24.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 8.19 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Chain B has been translated with symmetry operation after refinement. Current TLS origin is inconsistent with the coordinates.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23842 2128 5 %RANDOM
Rwork0.2027 ---
all0.2105 40060 --
obs0.20449 40056 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.769 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å20 Å20 Å2
2--3.6 Å20 Å2
3----2.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3783 0 0 208 3991
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.9595175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1825462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.95324.213197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.15315726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4021530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022877
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.21680
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22712
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2460.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1840.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4051.52390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96523724
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.16931650
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9074.51451
LS精密化 シェル解像度: 2.102→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 159 -
Rwork0.212 2886 -
obs--98.16 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.0344 Å / Origin y: 32.2088 Å / Origin z: -1.828 Å
111213212223313233
T-0.106 Å2-0.0284 Å2-0.0052 Å2--0.1184 Å20.0087 Å2---0.047 Å2
L0.388 °20.0518 °2-0.3906 °2-0.1453 °20.1477 °2--1.4558 °2
S0.0124 Å °-0.0052 Å °0.0447 Å °-0.0183 Å °-0.0067 Å °0.0139 Å °-0.0755 Å °-0.0221 Å °-0.0057 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 221
2X-RAY DIFFRACTION1B23 - 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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