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- PDB-3ax5: Crystal structure of rat TOM20-ALDH presequence complex: A comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ax5
タイトルCrystal structure of rat TOM20-ALDH presequence complex: A complex (form1) between Tom20 and a disulfide-bridged presequence peptide containing D-Cys and L-Cys at the i and i+3 positions.
要素
  • Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
  • Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
キーワードMEMBRANE PROTEIN/TRANSPORT PROTEIN / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / MEMBRANE PROTEIN-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to resveratrol / Ethanol oxidation / acetaldehyde metabolic process / Metabolism of serotonin / ethanol metabolic process / Mitochondrial protein degradation / regulation of response to oxidative stress / Smooth Muscle Contraction / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / tRNA import into mitochondrion ...cellular response to resveratrol / Ethanol oxidation / acetaldehyde metabolic process / Metabolism of serotonin / ethanol metabolic process / Mitochondrial protein degradation / regulation of response to oxidative stress / Smooth Muscle Contraction / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / tRNA import into mitochondrion / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / ethanol catabolic process / Ub-specific processing proteases / NADH binding / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / migrasome / protein import into mitochondrial matrix / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / protein-transporting ATPase activity / cellular detoxification of aldehyde / carboxylesterase activity / behavioral response to ethanol / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / mitochondrial envelope / protein targeting to mitochondrion / regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular response to fatty acid / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / apoptotic mitochondrial changes / response to muscle activity / response to testosterone / response to hyperoxia / cellular response to hormone stimulus / sperm midpiece / liver development / response to progesterone / response to ischemia / cell periphery / intracellular protein transport / response to nicotine / : / unfolded protein binding / response to estradiol / response to lipopolysaccharide / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom20 domain / Protein import receptor MAS20 / Protein import receptor MAS20, metazoan / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. ...Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom20 domain / Protein import receptor MAS20 / Protein import receptor MAS20, metazoan / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial / Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Saitoh, T. / Maita, Y. / Kohda, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Crystallographic snapshots of tom20-mitochondrial presequence interactions with disulfide-stabilized peptides.
著者: Saitoh, T. / Igura, M. / Miyazaki, Y. / Ose, T. / Maita, N. / Kohda, D.
履歴
登録2011年3月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
B: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
C: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
D: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6525
ポリマ－18,5574
非ポリマー951
水41423
1
A: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
B: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3743
ポリマ－9,2792
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area5500 Å2
手法PISA
2
C: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
D: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2792
ポリマ－9,2792
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area5580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.745, 77.401, 116.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog


分子量: 8022.181 Da / 分子数: 2 / 断片: CYTOSOLIC DOMAIN, UNP RESIDUES 59-126 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Tomm20 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q62760
#2: タンパク質・ペプチド Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial


分子量: 1256.543 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL HALF, UNP RESIDUES 12-20 / Mutation: P13C, S16C / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized. / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P11884
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES-NaOH pH7.0, 10% isopropanol, 20% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
21
31
41
51
61
71
81
91
101
111
121
131
141
151
161
171
181
191
201
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月29日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 9917 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 15.924
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.2-2.247.20.5614761100
2.24-2.287.20.5654952100
2.28-2.327.20.4164753100
2.32-2.377.30.4314884100
2.37-2.427.20.3864935100
2.42-2.487.20.3594726100
2.48-2.547.30.2774957100
2.54-2.617.10.2335038100
2.61-2.687.30.2024809100
2.68-2.777.20.20549110100
2.77-2.877.20.18248311100
2.87-2.997.10.15250312100
2.99-3.127.20.12848313100
3.12-3.297.10.11950114100
3.29-3.497.10.09950515100
3.49-3.767.10.8149916100
3.76-4.146.90.06849617100
4.14-4.736.70.0535101899.6
4.73-5.966.90.05252119100
5.96-306.50.0375482099.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASERMR位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WT4

1wt4
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.2→28.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 6.943 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27554 477 4.8 %RANDOM
Rwork0.22209 ---
obs0.22473 9438 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1266 0 5 23 1294
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221303
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9022.0211762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.75163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.98726.66760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.70615236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.402154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.141.5815
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.22321305
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5363488
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9744.5455
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.198→2.255 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 37 -
Rwork0.235 639 -
obs--96.99 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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