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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3aum | ||||||
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タイトル | Crystal structure of OspA mutant | ||||||
要素 | Outer surface protein A | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Beta-mender | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Borrelia burgdorferi (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Makabe, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015 タイトル: Aromatic cluster mutations produce focal modulations of beta-sheet structure. 著者: Biancalana, M. / Makabe, K. / Yan, S. / Koide, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3aum.cif.gz | 67.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3aum.ent.gz | 47.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3aum.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3aum_validation.pdf.gz | 422.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3aum_full_validation.pdf.gz | 424.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3aum_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3aum_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/3aum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/3aum | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26939.000 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 27-273 変異: E37S, E45S, K46S, K48A, K60A, K64S, K83A, E104S, K107S, S111Y, K113Y, T115Y, S121Y, E123W, K125Y, E134Y, I136Y, T138Y, K239S, E240S, K254S 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア) 遺伝子: ospA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C926, UniProt: P0CL66*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 24.4(mg/ml) protein, 17% PEG4000, 8.5% isopropanol, 15% Glycerol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 30877 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / % possible all: 96.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2OY5 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.439 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.794 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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