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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3auh | ||||||
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タイトル | A simplified BPTI variant with poly Arg amino acid tag (C3R) at the C-terminus | ||||||
要素 | Bovine pancreatic trypsin inhibitor | ||||||
キーワード | HYDROLASE INHIBITOR / Serine protease inhibitor / Inhibits serine protease / Trypsin | ||||||
機能・相同性 | Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Few Secondary Structures / Irregular 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Islam, M.M. / Kato, A. / Khan, M.M.A. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Kidokoro, S.I. / Kuroda, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Effect of amino acid mutations on protein's solubility, function and structure characterized using short poly amino acid peptide tags 著者: Islam, M.M. / Kato, A. / Khan, M.M.A. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Kidokoro, S.I. / Kuroda, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3auh.cif.gz | 111.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3auh.ent.gz | 86.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3auh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3auh_validation.pdf.gz | 465.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3auh_full_validation.pdf.gz | 466.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3auh_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3auh_validation.cif.gz | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/3auh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/3auh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6572.508 Da / 分子数: 4 / 変異: A1014G, A1038V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株 (発現宿主): JM109(DE3)PLYSS / 細胞内の位置 (発現宿主): Inclusion body / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THIS SEQUENCE IS A SIMPLIFIED BPTI VARIANT WITH 21 ALANINES, AND IT HAS BEEN STABILIZED WITH THE ...THIS SEQUENCE IS A SIMPLIFIED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG4000, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月7日 |
放射 | モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→38.866 Å / Num. all: 68687 / Num. obs: 68687 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.282 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.24 Å / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4PTI 解像度: 1.2→38.866 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.137 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.728 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→38.866 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.24 Å / Num. reflection Rwork: 4817 / Total num. of bins used: 20 |