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- PDB-3atd: Crystal Structure of the Kir3.2 Cytoplasmic Domain (Na+-free crys... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3atd
タイトルCrystal Structure of the Kir3.2 Cytoplasmic Domain (Na+-free crystal soaked in 10 mM Gadolinium chloride and 10 mM magnesium chloride)
要素Potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 6
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Cytoplasmic assembly / beta-barrel / ion transport / G protein beta-gamma subunits
機能・相同性
機能・相同性情報


G-protein activated inward rectifier potassium channel activity / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / parallel fiber to Purkinje cell synapse / monoatomic ion channel complex / neuronal cell body membrane / potassium ion import across plasma membrane ...G-protein activated inward rectifier potassium channel activity / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / parallel fiber to Purkinje cell synapse / monoatomic ion channel complex / neuronal cell body membrane / potassium ion import across plasma membrane / potassium channel activity / G-protein alpha-subunit binding / negative regulation of insulin secretion / presynapse / presynaptic membrane / postsynapse / axon / dendrite / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir3.2 / G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like ...Potassium channel, inwardly rectifying, Kir3.2 / G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GADOLINIUM ATOM / G protein-activated inward rectifier potassium channel 2 / G protein-activated inward rectifier potassium channel 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Inanobe, A. / Kurachi, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Interactions of cations with the cytoplasmic pores of inward rectifier K(+) channels in the closed state
著者: Inanobe, A. / Nakagawa, A. / Kurachi, Y.
履歴
登録2010年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9062
ポリマ－23,7491
非ポリマー1571
水00
1
A: Potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 6
ヘテロ分子

A: Potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 6
ヘテロ分子

A: Potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 6
ヘテロ分子

A: Potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6258
ポリマ－94,9964
非ポリマー6294
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area12010 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area34970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.373, 82.373, 172.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1-

GD

-
要素

#1: タンパク質 Potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 6 / G protein-activated inward rectifier potassium channel 2


分子量: 23748.988 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 53-74, 200-381 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CYTOPLASMIC N- AND C-TERMINI (RESIDUES 53-74 AND 200-381, RESPECTIVELY) OF G-PROTEIN-GATED INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL KIR3.2 ARE CONCATENATED DIRECTLY.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSSETA2 (DE3) / 参照: UniProt: Q0VB45, UniProt: P48542*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウム


分子量: 157.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Ethanol, pH 8.0, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1.46 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月2日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.46 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 176319 / Num. obs: 176288 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 28.4 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 95.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.01→48.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 19.851 / SU ML: 0.359 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.468 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2826 602 9.7 %RANDOM
Rwork0.2533 ---
obs0.2561 6202 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.04 Å2 / Biso mean: 74.4377 Å2 / Biso min: 58.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→48.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1568 0 1 0 1569
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3471.9562172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7555196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.06923.94776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.58315287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1461511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8621.5977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37921587
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2963628
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3294.5584
LS精密化 シェル解像度: 3.011→3.089 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 36 -
Rwork0.314 389 -
all-425 -
obs--93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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