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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3arp | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of Chitinase A from Vibrio harveyi with novel inhibitors - complex structure with DEQUALINIUM | ||||||
![]() | Chitinase A | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / TIM BARREL / INHIBITOR COMPLEX / GLYCOSIDASE / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pantoom, S. / Vetter, I.R. / Prinz, H. / Suginta, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Potent family-18 chitinase inhibitors: x-ray structures, affinities, and binding mechanisms 著者: Pantoom, S. / Vetter, I.R. / Prinz, H. / Suginta, W. #1: ![]() タイトル: Crystal structures of Vibrio harveyi chitinase A complexed with chitooligosaccharides: implications for the catalytic mechanism 著者: Songsiriritthigul, C. / Pantoom, S. / Aguda, A.H. / Robinson, R.C. / Suginta, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 153.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 115 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3aroC ![]() 3arqC ![]() 3arrC ![]() 3arsC ![]() 3artC ![]() 3aruC ![]() 3arvC ![]() 3arwC ![]() 3arxC ![]() 3aryC ![]() 3arzC ![]() 3as0C ![]() 3as1C ![]() 3as2C ![]() 3as3C ![]() 3b9aS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63841.770 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 22-597 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-DEQ / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 16%(W/V) PEG 4000, 21%v/v propanol, 0.1M Na-Acetate, pH 5.6, hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月4日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97941 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→19.976 Å / Num. obs: 85182 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 21.302 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 18.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3b9a 解像度: 1.55→19.976 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.1799 / WRfactor Rwork: 0.1434 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8994 / SU B: 1.265 / SU ML: 0.047 / SU R Cruickshank DPI: 0.071 / SU Rfree: 0.0766 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.13 Å2 / Biso mean: 16.8028 Å2 / Biso min: 2.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.976 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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