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- PDB-3ap4: Crystal structure of the galectin-8 N-terminal carbohydrate recog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ap4
タイトルCrystal structure of the galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with lactose
要素Galectin-8
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Beta-Sandwich / Galectin / Carbohydrate/Sugar Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphatic endothelial cell migration / xenophagy / cellular response to virus / integrin binding / carbohydrate binding / cytoplasmic vesicle / extracellular space / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-lactose / Galectin-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Matsuzaka, T. / Ideo, H. / Yamashita, K. / Nonaka, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Galectin-8-N-domain recognition mechanism for sialylated and sulfated glycans
著者: Ideo, H. / Matsuzaka, T. / Nonaka, T. / Seko, A. / Yamashita, K.
履歴
登録2010年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月15日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-8
B: Galectin-8
C: Galectin-8
D: Galectin-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0628
ポリマ－69,6924
非ポリマー1,3694
水5,531307
1
A: Galectin-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7652
ポリマ－17,4231
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Galectin-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7652
ポリマ－17,4231
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Galectin-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7652
ポリマ－17,4231
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Galectin-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7652
ポリマ－17,4231
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.528, 64.888, 71.584
Angle α, β, γ (deg.)98.41, 105.49, 108.66
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Galectin-8 / Gal-8 / Po66 carbohydrate-binding protein / Po66-CBP / Prostate carcinoma tumor antigen 1 / PCTA-1


分子量: 17423.123 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal carbohydrate recognition domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS8 / プラスミド: pGEX-6P-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00214
#2: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS RESIDUE IS CAUSED BY NATURAL VARIANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.68 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.275mM protein, 10mM Hepes-NaOH, 2.75mM lactose, 50mM sodium chloride, 0.5mM DTT, 50mM ammonium fluoride, 12% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→59.462 Å / Num. all: 26924 / Num. obs: 26924 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 23.253 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046
反射 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Mean I/σ(I) obs: 10.7 / Num. unique all: 1581 / Rsym value: 0.06 / % possible all: 76.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→51.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 6.698 / SU ML: 0.165 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.45 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25138 1313 4.9 %RANDOM
Rwork0.19077 ---
obs0.19364 25610 95.48 %-
all-25610 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.209 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0.59 Å2-0.09 Å2
2---0.73 Å2-0.26 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→51.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4683 0 92 307 5082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224895
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2051.9726641
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73838248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4655582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.49923.6225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.88215818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6271532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02998
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.451.52915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0731.51180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84624766
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.16931980
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9224.51875
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 88 -
Rwork0.192 1491 -
obs-1579 76.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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