PDB-3aox: X-ray crystal structure of human anaplastic lymphoma kinase in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3aox

タイトル

X-ray crystal structure of human anaplastic lymphoma kinase in complex with CH5424802

要素

ALK tyrosine kinase receptor

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / ALK KINASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Nagel, S. / Moertl, M. / Jestel, A. / Fukami, T.A.

引用

ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2011
タイトル: CH5424802, a selective ALK inhibitor capable of blocking the resistant gatekeeper mutant
著者: Sakamoto, H. / Tsukaguchi, T. / Hiroshima, S. / Kodama, T. / Kobayashi, T. / Fukami, T.A. / Oikawa, N. / Tsukuda, T. / Ishii, N. / Aoki, Y.

履歴

登録	2010年10月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年4月4日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3aox.cif.gz	147.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3aox.ent.gz	114.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3aox.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3aox_validation.pdf.gz	663.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3aox_full_validation.pdf.gz	664.8 KB	表示
XML形式データ	3aox_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	3aox_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/3aox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/3aox	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gagS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fnw-d 4fod-d 4eq7-2 3h2x-d 6n9d-d 2c0y-d 3w2r-d 3oag-2 2qfz-1 5caq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (2) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (3) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ALK tyrosine kinase receptor

ヘテロ分子

39.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.063, 58.100, 105.739
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ALK tyrosine kinase receptor / Anaplastic lymphoma kinase 分子量: 38814.598 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain, UNP residues 1069-1411 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALK 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q9UM73, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-EMH / 9-ethyl-6,6-dimethyl-8-[4-(morpholin-4-yl)piperidin-1-yl]-11-oxo-6,11-dihydro-5H-benzo[b]carbazole-3-carbonitrile / アレクチニブ分子量: 482.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₄N₄O₂ / コメント: 薬剤, 抗がん剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 550 MME, maleic acid, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 90 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 33074 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 31.997 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 17.06

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.86		0.723	0.849	2.5	34852	5626	5625	0.927	100
1.86-2.01		0.355	0.446	4.9	36185	5544	5544	0.484	100
2.01-2.22		0.179	0.229	8.8	33604	5407	5403	0.25	99.9
2.22-2.55		0.088	0.12	15.4	36025	5495	5492	0.13	99.9
2.55-3.1		0.046	0.063	24.7	30374	4839	4837	0.069	100
3.1-3.93		0.024	0.038	38.1	19075	3079	3076	0.041	99.9
3.93-5.05		0.016	0.027	48.7	9631	1587	1585	0.03	99.9
5.05-7.37		0.017	0.027	48.8	5951	1003	999	0.03	99.6
7.37-11.8		0.013	0.023	54.7	2105	379	377	0.025	99.5
	11.8	0.016	0.025	51.6	700	138	136	0.027	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GAG

1gag

解像度: 1.75→46.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / WR_factor R_free: 0.2015 / WR_factor R_work: 0.1659 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8627 / SU B: 5.221 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.1063 / SU R_free: 0.1054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2059	934	2.8 %	RANDOM
R_work	0.1692	-	-	-
obs	0.1703	33073	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.34 Å² / B_iso mean: 34.699 Å² / B_iso min: 14.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2354	0	52	236	2642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.36	1.995	3439
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.874	3	4296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.275	5	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.409	23.458	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.762	15	419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.06	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	375
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.874	2	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.58	2	608
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.103	3	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.39	4	983
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.638	6	921

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.75-1.795	0.304	68	0.267	2336	2405	99.958
1.795-1.845	0.351	66	0.247	2272	2338	100
1.845-1.898	0.247	64	0.235	2221	2285	100
1.898-1.956	0.252	63	0.216	2160	2223	100
1.956-2.02	0.25	61	0.182	2101	2162	100
2.02-2.091	0.192	59	0.182	2031	2090	100
2.091-2.17	0.209	57	0.159	1956	2015	99.901
2.17-2.258	0.212	54	0.157	1871	1928	99.844
2.258-2.359	0.196	53	0.148	1837	1890	100
2.359-2.474	0.132	51	0.146	1725	1777	99.944
2.474-2.607	0.179	48	0.148	1662	1711	99.942
2.607-2.765	0.186	46	0.162	1571	1618	99.938
2.765-2.955	0.202	42	0.164	1478	1520	100
2.955-3.191	0.206	41	0.169	1386	1428	99.93
3.191-3.494	0.245	37	0.158	1279	1318	99.848
3.494-3.905	0.142	34	0.15	1174	1209	99.917
3.905-4.505	0.148	30	0.141	1045	1076	99.907
4.505-5.507	0.232	26	0.161	891	920	99.674
5.507-7.746	0.233	21	0.208	709	734	99.455
7.746-52.87	0.268	13	0.2	434	449	99.555

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3926	0.139	-0.7228	2.2589	0.8585	3.7685	0.0304	-0.1973	0.0753	0.1646	0.0192	-0.1157	-0.2299	0.0682	-0.0496	0.0683	0.0208	-0.0087	0.0552	0.0147	0.0767	-20.138	24.549	-8.698
2	1.3979	-0.2589	0.1576	1.5142	0.1018	1.4138	0.01	0.031	-0.0134	0.0591	0.0574	-0.0565	0.0924	0.146	-0.0675	0.0281	0.0062	0	0.055	-0.0083	0.0326	-10.278	2.621	-20.768

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1086 - 1199
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1200 - 1401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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