PDB-3aou: Structure of the Na+ unbound rotor ring modified with N,N f-Dicyc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3aou

タイトル

Structure of the Na+ unbound rotor ring modified with N,N f-Dicyclohexylcarbodiimide of the Na+-transporting V-ATPase

要素

V-type sodium ATPase subunit K

キーワード

HYDROLASE / SODIUM ION TRANSPORT / V-ATPAse / DCCD / Membrane rotor ring

機能・相同性

機能・相同性情報

proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / sodium ion transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus hirae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 3.14 Å

データ登録者

Mizutani, K. / Yamamoto, M. / Yamato, I. / Kakinuma, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Murata, T.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structure of the rotor ring modified with N,N'-dicyclohexylcarbodiimide of the Na+-transporting vacuolar ATPase.
著者: Mizutani, K. / Yamamoto, M. / Suzuki, K. / Yamato, I. / Kakinuma, Y. / Shirouzu, M. / Walker, J.E. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Murata, T.

履歴

登録	2010年10月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月23日	Group: Non-polymer description
改定 1.2	2013年8月7日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3aou.cif.gz	572.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3aou.ent.gz	479.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3aou.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3aou_validation.pdf.gz	775.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3aou_full_validation.pdf.gz	808.7 KB	表示
XML形式データ	3aou_validation.xml.gz	56.3 KB	表示
CIF形式データ	3aou_validation.cif.gz	73.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/3aou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/3aou	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2db4SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2x3d-1 2cyd-d 2db4-d 3v4h-2 5y3k-d 3wn4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (4) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: V-type sodium ATPase subunit K

B: V-type sodium ATPase subunit K

C: V-type sodium ATPase subunit K

D: V-type sodium ATPase subunit K

E: V-type sodium ATPase subunit K

F: V-type sodium ATPase subunit K

G: V-type sodium ATPase subunit K

H: V-type sodium ATPase subunit K

I: V-type sodium ATPase subunit K

J: V-type sodium ATPase subunit K

ヘテロ分子

164 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.410, 124.937, 208.221
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	V-type sodium ATPase subunit K / Na(+)-translocating ATPase subunit K / Sodium ATPase proteolipid component 分子量: 16043.918 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア) / 遺伝子: ntpK, ntpN / 発現宿主: Enterococcus hirae (バクテリア) / 株 (発現宿主): 25D / 参照: UniProt: P43457
#2: 化合物	ChemComp-DCW / DICYCLOHEXYLUREA / 1,3-ジシクロヘキシル尿素分子量: 224.342 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₄N₂O
#3: 化合物	ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド分子量: 496.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₄₄O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM Tris-HCl pH7.5, 4% Glycerol, 240mM potassium citrate, 35% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月25日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.14→48.79 Å / Num. all: 55386 / Num. obs: 51929 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 3.14→3.31 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 7587 / R_sym value: 0.671 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BSS		データ収集
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2DB4

2db4

解像度: 3.14→48.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / SU B: 30.828 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.279 / ESU R Free: 0.391 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24818	2644	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20881	-	-	-
obs	0.2108	49285	93.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.158 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.88 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	3.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.14→48.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11270	0	228	6	11504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	11710
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.391	2.002	15792
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.018	5	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.255	25.152	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.61	15	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	8230
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.426	1.5	7644
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.802	2	12054
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.198	3	4066
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.114	4.5	3738
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.14→3.222 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.408	182	-
R_work	0.342	3508	-
obs	-	-	95.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9299	-0.5739	-0.3301	1.3228	0.2194	2.1066	0.4082	-0.0346	0.626	-0.1666	-0.0831	-0.3089	-0.4408	0.3136	-0.3251	0.3559	-0.095	0.0835	0.1901	-0.0623	0.3837	36.431	59.774	20.766
2	1.2609	-0.3489	-0.6021	1.4871	-0.2319	1.9469	0.3845	-0.3401	0.4125	0.1356	-0.0642	-0.2438	-0.4502	0.4312	-0.3203	0.4271	-0.1414	0.0534	0.2507	-0.2375	0.4018	33.981	62.074	39.066
3	1.1742	-0.4413	-0.845	2.2125	-0.6137	1.2515	0.2504	-0.56	0.3502	0.5654	-0.1659	-0.2796	-0.4931	0.4479	-0.0846	0.5389	-0.1282	-0.0245	0.4781	-0.2894	0.2942	31.596	53.194	55.301
4	1.4822	-0.2041	-1.0817	2.6901	0.1414	1.4915	0.1736	-0.5916	0.0345	0.7638	-0.132	-0.2806	-0.1208	0.5529	-0.0416	0.5729	-0.0277	-0.0817	0.5776	-0.0439	0.1873	30.188	36.488	63.338
5	1.3604	-0.3045	-0.8551	1.7503	0.6312	1.4539	-0.0553	-0.678	-0.1289	0.6711	0.0495	-0.1787	0.1809	0.5549	0.0057	0.5517	0.097	-0.0645	0.5404	0.2173	0.2686	30.247	18.224	59.871
6	-0.0291	0.4023	-1.2685	0.9752	-0.2836	1.7052	-0.047	-0.4025	-0.2398	0.4867	-0.0495	-0.2017	0.4303	0.462	0.0965	0.481	0.1622	-0.023	0.3599	0.2137	0.4177	31.796	5.435	46.353
7	0.5028	0.4909	-0.5171	1.704	-0.2634	1.7487	-0.0372	-0.0469	-0.461	0.143	-0.0391	-0.2674	0.5363	0.3369	0.0763	0.3486	0.1368	0.0486	0.2189	0.124	0.3902	34.259	2.926	28.107
8	2.6466	0.7845	0.4212	1.6906	0.0021	1.4907	0.1167	-0.033	-0.3962	-0.1148	-0.08	-0.1748	0.396	0.2982	-0.0366	0.2748	0.0929	0.043	0.2098	0.0036	0.1732	36.732	11.785	11.919
9	1.3924	0.1142	0.3084	0.6907	-0.0248	0.5212	0.0486	0.1788	-0.0837	-0.1973	-0.0492	-0.116	0.1183	0.1349	0.0006	0.2016	0.0287	0.0388	0.3075	-0.005	0.0754	38.085	28.567	4.087
10	1.0425	-0.1937	-0.4646	0.6349	0.5686	0.9535	0.122	0.0023	0.399	-0.2326	-0.0002	-0.1295	-0.1705	0.088	-0.1218	0.2685	-0.0268	0.0603	0.2416	0.0731	0.1695	38.022	46.898	7.376

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 156
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 156
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 156
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 156
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 156
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 156
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 156
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 156
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 156
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 156

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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