[日本語] English
万見
- PDB-3aon: Crystal structure of the central axis (NtpD-NtpG) in the catalyti... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aon
タイトルCrystal structure of the central axis (NtpD-NtpG) in the catalytic portion of Enterococcus hirae V-type sodium ATPase
要素
  • V-type sodium ATPase subunit D
  • V-type sodium ATPase subunit G
キーワードHYDROLASE / V-ATPase / Enterococcus / Coiled-coil / Alpha/beta fold / Na(+)-ATPase / NtpA3-NtpB3 / NtpC / central axis
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3240 / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F, bacterial/archaeal / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / Helix Hairpins / Rossmann fold ...Helix Hairpins - #3240 / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F, bacterial/archaeal / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / V-type sodium ATPase subunit D / V-type sodium ATPase subunit G
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus hirae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Saijo, S. / Arai, S. / Hossain, K.M.M. / Yamato, I. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Murata, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the central axis DF complex of the prokaryotic V-ATPase
著者: Saijo, S. / Arai, S. / Hossain, K.M.M. / Yamato, I. / Suzuki, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Murata, T.
履歴
登録2010年10月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: V-type sodium ATPase subunit D
B: V-type sodium ATPase subunit G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4333
ポリマ－38,3712
非ポリマー621
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area15610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.787, 68.433, 51.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-239-

HOH

21A-295-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 V-type sodium ATPase subunit D / Na(+)-translocating ATPase subunit D / V-type sodium pump subunit D


分子量: 25587.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア) / 遺伝子: ntpD / 発現宿主: Cell free synthesis
参照: UniProt: P43435*PLUS, H+-transporting two-sector ATPase
#2: タンパク質 V-type sodium ATPase subunit G / Na(+)-translocating ATPase subunit G / V-type sodium pump subunit G


分子量: 12783.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア) / 遺伝子: ntpG, ntpQ / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: P43455, H+-transporting two-sector ATPase
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST AND WILL BE DEPOSITED TO ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST AND WILL BE DEPOSITED TO DATABASE. THE N-TERMINAL GSSGSSG ARE EXPRESSION TAGS.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG 3350, 0.2 M Sodium Nitrate, 0.1M MES-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9791, 0.9794, 1.0000
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月17日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97941
311
反射解像度: 2→34.16 Å / Num. all: 21698 / Num. obs: 21698 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3128 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→31.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 10.876 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25161 1085 5 %RANDOM
Rwork0.19445 ---
all0.1974 22398 --
obs0.1974 21696 96.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.498 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å2-3.3 Å2
2---1.54 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→31.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2284 0 4 152 2440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222332
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2761.9873149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0195289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.26725.619105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.46815452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4111512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6781.51447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30622351
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0093885
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3994.5797
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 67 -
Rwork0.263 1503 -
obs-1570 94.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.14-1.7672-3.1311.96182.84554.8242-0.0966-0.0307-0.07230.1435-0.1048-0.01940.07930.11190.20140.3152-0.0326-0.07410.32780.12250.29260.8338-32.601423.1548
20.60190.03171.19081.9910.91612.8555-0.1423-0.12050.08130.2453-0.0930.2903-0.0466-0.34840.23520.1773-0.010.08920.339-0.08530.2887-9.6583-1.041659.2585
30.0540.01590.04627.97738.03218.36140.1452-0.00190.00170.05590.0964-0.23180.09840.1075-0.24160.31720.0305-0.03870.2439-0.03590.27225.1259-16.74447.1255
44.99130.0720.70353.92152.33931.50910.4351-0.0198-0.44590.4802-0.4335-0.110.3707-0.3596-0.00160.5116-0.0914-0.01290.2212-0.07310.19745.8031-7.858467.5634
50.1459-0.05880.24042.05793.35876.45560.0599-0.03420.0279-0.0415-0.04260.07410.0359-0.067-0.01730.2519-0.030.02890.2889-0.00670.2635-4.669-14.50242.3793
66.2624-5.9525-9.318710.54148.795813.86810.37570.3683-0.3921-0.5849-0.98230.2095-0.5263-0.53880.60660.30410.39190.02020.57560.00730.06025.2918-38.4763-0.3754
70.6580.30991.062.10281.0071.9217-0.1426-0.00080.2285-0.0111-0.0981-0.1288-0.18870.08860.24070.2246-0.00770.01070.2411-0.00030.29330.25812.888149.2394
80.3737-0.25260.20611.63860.85231.5397-0.05040.02950.0866-0.0993-0.13240.0695-0.0709-0.03030.18280.19080.00890.02470.3001-0.02060.2845-5.3536-2.361642.9431
93.1591.65211.61128.51739.845111.4201-0.0578-0.12460.5062-0.0898-0.36080.3945-0.0477-0.44370.41860.3032-0.0521-0.02130.28330.00540.2534-14.3935-13.786834.5758
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 85
3X-RAY DIFFRACTION3A86 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4A107 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5A123 - 178
6X-RAY DIFFRACTION6A179 - 194
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 42
8X-RAY DIFFRACTION8B43 - 86
9X-RAY DIFFRACTION9B87 - 101

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る