PDB-3ao0: Crystal structure of ethanolamine ammonia-lyase from Escherichia ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ao0

タイトル

Crystal structure of ethanolamine ammonia-lyase from Escherichia coli complexed with CN-CBL and (S)-2-amino-1-propanol

要素

(Ethanolamine ammonia-lyase ...) x 2

キーワード

LYASE / (BETA/ALPHA)8 FOLD / COBALT / COBALAMIN / Tim Barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

ethanolamine ammonia-lyase / ethanolamine ammonia-lyase activity / ethanolamine ammonia-lyase complex / ethanolamine degradation polyhedral organelle / ethanolamine catabolic process / cobalamin binding / amino acid metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Shibata, N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: How coenzyme B12-dependent ethanolamine ammonia-lyase deals with both enantiomers of 2-amino-1-propanol as substrates: structure-based rationalization.
著者: Shibata, N. / Higuchi, Y. / Toraya, T.

履歴

登録	2010年9月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月24日	Group: Non-polymer description
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ao0.cif.gz	558.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ao0.ent.gz	464 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ao0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ao0_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ao0_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3ao0_validation.xml.gz	57.1 KB	表示
CIF形式データ	3ao0_validation.cif.gz	79.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/3ao0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/3ao0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3anyC 3abrS 3abo 3abq 3abs S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3abr-d 3abs-d 3abo-d 5ysr-d 3abq-d 6uek-1 7kax-2 3any-d 7kax-1 7kay-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain

B: Ethanolamine ammonia-lyase light chain

C: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain

D: Ethanolamine ammonia-lyase light chain

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	243.850, 243.850, 76.806
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
Ethanolamine ammonia-lyase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain / Ethanolamine ammonia-lyase large subunit 分子量: 49447.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: eutB, b2441, JW2434 / プラスミド: PUSI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P0AEJ6, ethanolamine ammonia-lyase
#2: タンパク質	Ethanolamine ammonia-lyase light chain / Ethanolamine ammonia-lyase small subunit 分子量: 28769.021 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 44-295 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: eutC, b2440, JW2433 / プラスミド: PUSI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P19636, ethanolamine ammonia-lyase

#1: タンパク質

Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain / Ethanolamine ammonia-lyase large subunit

分子量: 49447.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: eutB, b2441, JW2434 / プラスミド: PUSI2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P0AEJ6, ethanolamine ammonia-lyase

#2: タンパク質

Ethanolamine ammonia-lyase light chain / Ethanolamine ammonia-lyase small subunit

分子量: 28769.021 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 44-295 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: eutC, b2440, JW2433 / プラスミド: PUSI2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P19636, ethanolamine ammonia-lyase

-
非ポリマー , 4種, 597分子

#3: 化合物	ChemComp-2A1 / (2S)-2-aminopropan-1-ol / (S)-2-アミノ-1-プロパノ-ル分子量: 75.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉NO
#4: 化合物	ChemComp-B12 / COBALAMIN 分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₉CoN₁₃O₁₄P
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.81 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 6.0-7.0% (W/V) PEG 4000, 24-26 % (V/V) GLYCEROL, 1.0 % (V/V) 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPD),0.1M IMIDAZOLE-HCL, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.93
検出器	タイプ: BRUCKER DIP-6040 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月1日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→48 Å / Num. all: 121794 / Num. obs: 121794 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BSS		データ収集
REFMAC	5.5.0088	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ABR

3abr

解像度: 2.25→48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 14.779 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	6112	5 %	RANDOM
R_work	0.235	-	-	-
all	0.236	115669	-	-
obs	0.236	115669	98.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.737 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	-0.06 Å²	0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10760	0	193	592	11545

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	11138
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.83	1.991	15148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.666	5	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.215	24.374	487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.936	15	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.699	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.22	0.2	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	8388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.699	1.5	6989
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.198	2	11236
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.349	3	4149
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.511	4.5	3911
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1779	tight positional	0.05	0.05
1	1	C	1611	medium positional	0.27	0.5
2	2	B	1118	medium positional	0.35	0.5
2	2	D	685	loose positional	0.3	5
1	1	A	1779	tight thermal	0.22	0.5
1	1	C	1611	medium thermal	0.29	2
2	2	B	1118	medium thermal	3.35	2
2	2	D	685	loose thermal	4.05	10

LS精密化シェル

解像度: 2.251→2.31 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	405	-
R_work	0.327	7993	-
obs	-	-	92.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3947	-0.1658	-0.069	1.4416	-0.0241	0.2998	0.0496	0.0399	-0.0927	-0.2155	0.0027	0.3935	0.0447	0.0397	-0.0523	0.0809	-0.0415	-0.0886	0.1014	-0.0088	0.1733	94.264	-95.245	-8.587
2	2.2496	0.1924	-0.4482	2.0962	0.4424	0.7013	0.1293	0.3441	-0.1702	-0.9669	-0.2711	1.3234	-0.1511	-0.1449	0.1418	0.5382	0.1048	-0.7144	0.2255	-0.2194	1.0021	74.2655	-100.7676	-27.313
3	0.4069	-0.2317	0.0789	1.6479	-0.0703	0.4473	0.0204	0.0177	-0.0372	0.0041	0.0112	0.5163	-0.0527	-0.0028	-0.0316	0.0635	-0.0153	-0.0037	0.091	0.0268	0.2135	86.096	-60.06	-2.815
4	1.4424	0.5391	-0.0109	2.9893	0.237	1.3315	0.1355	-0.1131	-0.1365	0.9811	0.1393	1.8177	-0.0574	-0.2582	-0.2748	0.3913	0.0626	0.7275	0.1715	0.2124	1.5045	65.424	-63.836	15.606

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 453
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	44 - 295
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 453
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	44 - 295

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関連情報:EMDBヘッダ

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