PDB-3amp: E134C-Cellotetraose complex of cellulase 12A from thermotoga maritima

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3amp

タイトル

E134C-Cellotetraose complex of cellulase 12A from thermotoga maritima

要素

Endo-1,4-beta-glucanase

キーワード

HYDROLASE / beta jellyroll / glucanase / cellulose

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulase / cellulase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Cheng, Y.-S. / Ko, T.-P. / Liu, J.-R. / Guo, R.-T.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Crystal structure and substrate-binding mode of cellulase 12A from Thermotoga maritima
著者: Cheng, Y.-S. / Ko, T.-P. / Wu, T.-H. / Ma, Y. / Huang, C.-H. / Lai, H.-L. / Wang, A.H.-J. / Liu, J.-R. / Guo, R.-T.

履歴

登録	2010年8月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3amp.cif.gz	132.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3amp.ent.gz	102.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3amp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3amp_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3amp_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	3amp_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	3amp_validation.cif.gz	40.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/3amp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/3amp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3amhC 3ammC 3amnSC 3amqC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vhn-1 4gyz-6 1wpr-2 3amq-4 3amn-1 4gyz-1 3vhn-3 3amq-1 5j3z-2 3rod-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-glucanase

B: Endo-1,4-beta-glucanase

ヘテロ分子

63.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endo-1,4-beta-glucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endo-1,4-beta-glucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.076, 73.906, 179.664
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Endo-1,4-beta-glucanase / cellulase 12A

分子量: 30753.639 Da / 分子数: 2 / 変異: E134C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: celA / プラスミド: pET16b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q60032, cellulase

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-cellotriose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-cellotriose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

非ポリマーの詳細

CELLOTRIOSE MOLECULES HAVE THE ALPHA-ANOMERIC CONFIGURATION AT THE C1C IN THIS STRUCTURES. THEY MAY ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, 5% glycerol, 18% PEG3350, 10mM cellotetraose, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1.0011 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月28日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→25 Å / Num. all: 54738 / Num. obs: 54430 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 29.2
反射シェル	解像度: 1.78→1.84 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
Blu-Ice	データ収集
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3AMN

3amn

解像度: 1.78→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.202	2663	random
R_work	0.169	-	-
all	0.172	54772	-
obs	0.172	52750	-

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.21 Å	0.17 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.14 Å	0.12 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4171	0	114	536	4821

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	2
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.02

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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