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万見
- PDB-3am7: Crystal structure of the ternary complex of eIF4E-M7GTP-4EBP2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3am7
タイトルCrystal structure of the ternary complex of eIF4E-M7GTP-4EBP2 peptide
要素
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 2
キーワードTRANSLATION/PROTEIN BINDING / Cap / TRANSLATION / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / TRANSLATION-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neuronal ribonucleoprotein granule / eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / chromatoid body / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding ...neuronal ribonucleoprotein granule / eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / chromatoid body / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RISC complex / intracellular membraneless organelle / Ribosomal scanning and start codon recognition / stem cell population maintenance / Translation initiation complex formation / mTORC1-mediated signalling / social behavior / behavioral fear response / negative regulation of neuron differentiation / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / TOR signaling / mRNA export from nucleus / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle / cellular response to dexamethasone stimulus / translational initiation / P-body / modulation of chemical synaptic transmission / regulation of synaptic plasticity / neuron differentiation / memory / ISG15 antiviral mechanism / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / G1/S transition of mitotic cell cycle / insulin receptor signaling pathway / regulation of translation / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / negative regulation of translation / nuclear speck / translation / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4E binding / Eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein (EIF4EBP) / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Eukaryotic translation initiation factor 4E / Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tomoo, K. / Fukuyo, A. / In, Y. / Ishida, T.
引用ジャーナル: J.Pept.Sci. / 年: 2011
タイトル: Structural scaffold for eIF4E binding selectivity of 4E-BP isoforms: crystal structure of eIF4E binding region of 4E-BP2 and its comparison with that of 4E-BP1.
著者: Fukuyo, A. / In, Y. / Ishida, T. / Tomoo, K.
履歴
登録2010年8月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1093
ポリマ－24,5712
非ポリマー5381
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.84, 87.84, 37.75
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4E / eIF-4E / eIF4E / mRNA cap-binding protein / eIF-4F 25 kDa subunit


分子量: 22288.252 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 27-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E, EIF4EL1, EIF4F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06730
#2: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 2 / eIF4E-binding protein 2 / 4E-BP2


分子量: 2282.627 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 47-65 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4EBP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13542
#3: 化合物 ChemComp-MGP / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7-メチル-7-アゾニアグアノシン5′-三りん酸


分子量: 538.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N5O14P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG-MME 2000, 0.1M MES, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.9 Å / Num. obs: 16434 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.81 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.1→43.9 Å / 冗長度: 3.81 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique all: 16434 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
CrystalClearデータ収集
CNS精密化
CrystalClearデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→29.3 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 734 -
Rwork0.23 --
obs-14502 97.1 %
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1725 0 33 93 1851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.685
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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