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万見
- PDB-3am6: Crystal structure of the proton pumping rhodopsin AR2 from marine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3am6
タイトルCrystal structure of the proton pumping rhodopsin AR2 from marine alga Acetabularia acetabulum
要素rhodopsin-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / seven trans-membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / RETINAL / Rhodopsin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Acetabularia acetabulum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wada, T. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the eukaryotic light-driven proton-pumping rhodopsin, Acetabularia rhodopsin II, from marine alga
著者: Wada, T. / Shimono, K. / Kikukawa, T. / Hato, M. / Shinya, N. / Kim, S.Y. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Tamogami, J. / Miyauchi, S. / Jung, K.-H. / Kamo, N. / Yokoyama, S.
履歴
登録2010年8月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月7日Group: Database references
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rhodopsin-2
B: rhodopsin-2
C: rhodopsin-2
D: rhodopsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,48416
ポリマ－102,2534
非ポリマー4,23112
水00
1
A: rhodopsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6214
ポリマ－25,5631
非ポリマー1,0583
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: rhodopsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6214
ポリマ－25,5631
非ポリマー1,0583
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: rhodopsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6214
ポリマ－25,5631
非ポリマー1,0583
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: rhodopsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6214
ポリマ－25,5631
非ポリマー1,0583
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area39570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.120, 110.487, 129.116
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 7 - 225 / Label seq-ID: 7 - 225

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
rhodopsin-2 / AR2


分子量: 25563.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acetabularia acetabulum (植物) / プラスミド: pCR2.1-TOPO / 発現宿主: cell-free synthesis (未定義) / 参照: UniProt: G1K3Q0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
Has protein modificationY
配列の詳細THERE IS NO UNP REFERENCE SEQUENCE DATABASE FOR THIS PROTEINS AT THE TIME OF PROCESSING. THE ...THERE IS NO UNP REFERENCE SEQUENCE DATABASE FOR THIS PROTEINS AT THE TIME OF PROCESSING. THE SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED ON GENBANK WITH THE ACCESSION CODE, HM070408.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: lipid mesophase / pH: 7.5
詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 6% 2-methyl-2,4-pentanediol, 14% polyethylene glycol 400, lipid mesophase, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月19日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.192→50 Å / Num. obs: 18284 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.192→3.31 Å / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.251 / % possible all: 72.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
MrBUMP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS1.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→36.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / Rfactor Rfree error: 0.011 / SU B: 28.947 / SU ML: 0.505 / Data cutoff high absF: 53692.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.697 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.324 891 4.9 %RANDOM
Rwork0.29 ---
obs0.29 18250 89.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.9644 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.54 Å20 Å20 Å2
2--17.34 Å20 Å2
3----10.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.52 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→36.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7024 0 304 0 7328
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 129 5.3 %
Rwork0.385 2313 -
obs--72.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2r+c+o.paramr+c+o.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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