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- PDB-3aly: Crystal Structure of RNase HI from Sulfolobus tokodaii with C-ter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aly
タイトルCrystal Structure of RNase HI from Sulfolobus tokodaii with C-terminal deletion
要素Putative uncharacterized protein ST0753
キーワードHYDROLASE / thermostable RNase HI / C-terminal anchor deletion
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Reverse transcriptase-like / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease HI / :
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Angkawidjaja, C. / Takano, K. / Kanaya, S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Stabilization by fusion to the C-terminus of hyperthermophile Sulfolobus tokodaii RNase HI: a possibility of protein stabilization tag
著者: Takano, K. / Okamoto, T. / Okada, J. / Tanaka, S. / Angkawidjaja, C. / Koga, Y. / Kanaya, S.
履歴
登録2010年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein ST0753
B: Putative uncharacterized protein ST0753


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4702
ポリマ－32,4702
非ポリマー00
水4,576254
1
A: Putative uncharacterized protein ST0753


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2351
ポリマ－16,2351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative uncharacterized protein ST0753


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2351
ポリマ－16,2351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.975, 41.018, 43.534
Angle α, β, γ (deg.)89.72, 89.71, 86.76
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein ST0753 / ribonuclease HI / RNase HI


分子量: 16235.057 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-143 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: str. 7 / 遺伝子: ST0753 / プラスミド: pET25b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MIC2067(DE3)
参照: UniProt: Q973Z8, UniProt: F9VN79*PLUS, ribonuclease H
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 3000, 0.1M citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 32375 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 37.21
反射 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 6.14 / Num. unique all: 3175 / Rsym value: 0.193 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BL38BSSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EHG

2ehg


解像度: 1.66→20.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 2.076 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.122
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25048 1639 5.1 %RANDOM
Rwork0.19714 ---
obs0.19996 30726 96.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.003 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→20.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2244 0 0 254 2498
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.39123060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5465280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.08323.61794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.39215454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0571518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0211654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8421.51396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.03522250
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4363884
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.2124.5810
LS精密化 シェル解像度: 1.657→1.7 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 104 -
Rwork0.284 2218 -
obs--94.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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