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- PDB-3alt: Crystal structure of CEL-IV complexed with Melibiose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3alt
タイトルCrystal structure of CEL-IV complexed with Melibiose
要素Lectin CEL-IV, C-type
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CEL-IV / C-type lectin / Melibiose (メリビオース)
機能・相同性
機能・相同性情報


Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-melibiose / Lectin CEL-IV, C-type
類似検索 - 構成要素
生物種Cucumaria echinata (ぐみ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hatakeyama, T. / Hozawa, T. / Ishii, K. / Kamiya, T. / Goda, S. / Kusunoki, M. / Unno, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Galactose recognition by a tetrameric C-type lectin, CEL-IV, containing the EPN carbohydrate recognition motif
著者: Hatakeyama, T. / Kamiya, T. / Kusunoki, M. / Nakamura-Tsuruta, S. / Hirabayashi, J. / Goda, S. / Unno, H.
履歴
登録2010年8月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月29日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin CEL-IV, C-type
B: Lectin CEL-IV, C-type
C: Lectin CEL-IV, C-type
D: Lectin CEL-IV, C-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,96512
ポリマ－68,4354
非ポリマー1,5308
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7960 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area25960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.988, 78.504, 102.898
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A3 - 155
2111B3 - 155
3111C3 - 155
4111D3 - 155
1121A301
2121B301
3121C301
4121D301

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
Lectin CEL-IV, C-type


分子量: 17108.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cucumaria echinata (ぐみ) / 参照: UniProt: Q7M4F9
#2: 多糖
alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose / alpha-melibiose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 代謝代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-melibiose
記述子タイププログラム
DGalpa1-6DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 4.3M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→41.9 Å / Num. obs: 22552 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 48.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WMY

1wmy


解像度: 2.5→38.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.771 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.94 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1167 5.1 %RANDOM
Rwork0.229 21878 --
obs0.2316 21878 95.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.97 Å2 / Biso mean: 34.8777 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4788 0 96 93 4977
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0215036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7371.9356884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4045620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.11124.667240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.73615688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7771516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213920
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7841.53080
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53524912
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86731956
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0374.51972
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1172TIGHT POSITIONAL0.070.05
1B1172TIGHT POSITIONAL0.070.05
1C1172TIGHT POSITIONAL0.070.05
1D1172TIGHT POSITIONAL0.070.05
1A1172TIGHT THERMAL0.140.5
1B1172TIGHT THERMAL0.130.5
1C1172TIGHT THERMAL0.150.5
1D1172TIGHT THERMAL0.140.5
2A23TIGHT POSITIONAL0.060.05
2B23TIGHT POSITIONAL0.060.05
2C23TIGHT POSITIONAL0.060.05
2D23TIGHT POSITIONAL0.090.05
2A23TIGHT THERMAL0.140.5
2B23TIGHT THERMAL0.180.5
2C23TIGHT THERMAL0.160.5
2D23TIGHT THERMAL0.150.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.459 78 -
Rwork0.39 1559 -
all-1637 -
obs--92.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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