PDB-3al5: Crystal structure of Human TYW5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3al5

タイトル

Crystal structure of Human TYW5

要素

JmjC domain-containing protein C2orf60

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / tRNA modification enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNAPhe (7-(3-amino-3-carboxypropyl)wyosine37-C2)-hydroxylase / tRNA(Phe) (7-(3-amino-3-carboxypropyl)wyosine37-C2)-hydroxylase activity / Synthesis of wybutosine at G37 of tRNA(Phe) / wybutosine biosynthetic process / tRNA binding / iron ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.503 Å

データ登録者

Kato, M. / Araiso, Y. / Ishitani, R. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a novel JmjC-domain-containing protein, TYW5, involved in tRNA modification.
著者: Kato, M. / Araiso, Y. / Noma, A. / Nagao, A. / Suzuki, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.

履歴

登録	2010年7月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年8月7日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3al5.cif.gz	482.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3al5.ent.gz	397.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3al5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/3al5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/3al5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3al6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3al6-2 6xp9-d 3kg6-1 5x0r-d 1icq-d 5bk9-1 1h2m-1 2ilm-1 3omm-d 3kg9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (5)

登録構造単位

A: JmjC domain-containing protein C2orf60

B: JmjC domain-containing protein C2orf60

C: JmjC domain-containing protein C2orf60

D: JmjC domain-containing protein C2orf60

ヘテロ分子

157 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: JmjC domain-containing protein C2orf60

B: JmjC domain-containing protein C2orf60

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: JmjC domain-containing protein C2orf60

D: JmjC domain-containing protein C2orf60

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.942, 164.942, 105.149
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	C
1	2	D
2	2	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	chain B and resid 1:311 and (name C or name N or name O or name CA)	B	B	1 - 311	24 - 334
2	1	LEU	LEU	chain C and resid 6:311 and (name C or name N or name O or name CA)	C	C	6 - 311	29 - 334
1	2	GLN	GLN	chain D and resid 4:311 and (name C or name N or name O or name CA)	D	D	4 - 311	27 - 334
2	2	GLN	GLN	chain A and resid 4:311 and (name C or name N or name O or name CA)	A	A	4 - 311	27 - 334

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	JmjC domain-containing protein C2orf60 / hTYW5 分子量: 39157.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C2orf60 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: A2RUC4
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.12 % / Mosaicity: 0.468 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 200mM potassium thiocyanate, 10% (w/v) PEG3350, pH 8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月29日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 49257 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 1.357 / Net I/σ(I): 27.975

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.54	4.3	0.392	2349	0.71	1	94.9
2.54-2.59	4.6	0.374	2351	0.707	1	95.3
2.59-2.64	5	0.357	2380	0.757	1	95.3
2.64-2.69	5.3	0.35	2376	0.855	1	95.9
2.69-2.75	5.4	0.33	2417	0.818	1	96.1
2.75-2.82	5.8	0.309	2357	0.913	1	96.2
2.82-2.89	6.2	0.284	2423	0.934	1	96.7
2.89-2.96	6.8	0.246	2412	1.03	1	97.1
2.96-3.05	7.3	0.227	2419	1.114	1	97
3.05-3.15	8.3	0.194	2449	1.215	1	97.9
3.15-3.26	8.9	0.171	2471	1.268	1	98.1
3.26-3.39	10.1	0.139	2451	1.37	1	98.1
3.39-3.55	11.4	0.117	2478	1.517	1	99
3.55-3.73	11.9	0.103	2518	1.649	1	99.4
3.73-3.97	12.4	0.088	2502	1.735	1	99.3
3.97-4.27	12.7	0.076	2508	1.781	1	99.2
4.27-4.7	13.1	0.068	2548	1.791	1	99.4
4.7-5.38	13.2	0.063	2555	1.594	1	99.4
5.38-6.78	13.1	0.057	2584	1.397	1	99.3
6.78-50	12.9	0.041	2709	1.108	1	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.6_289	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.503→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.46 / σ(F): 0.3 / 位相誤差: 29.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2812	2462	5 %	RANDOM
R_work	0.2195	-	-	-
obs	0.2225	49227	97.67 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.326 Å² / k_sol: 0.346 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 184.68 Å² / B_iso mean: 77.6517 Å² / B_iso min: 18.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.9866 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.9866 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.9731 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.503→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9286	0	2	0	9288

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	9524
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.253	12965
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.106	3303
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	1425
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1691

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	B	1136	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.541
1	2	C	1136	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.541
2	1	D	1208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.539
2	2	A	1208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.539

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.5034-2.5515	0.4189	130	0.382	2461	95
2.5515-2.6036	0.3915	131	0.3553	2510	95
2.6036-2.6602	0.3889	133	0.3118	2511	96
2.6602-2.7221	0.3376	132	0.2991	2511	96
2.7221-2.7901	0.3363	133	0.2613	2523	96
2.7901-2.8656	0.3158	133	0.2469	2521	96
2.8656-2.9499	0.2991	135	0.2389	2565	97
2.9499-3.045	0.3401	134	0.2477	2570	97
3.045-3.1538	0.3357	135	0.2396	2559	98
3.1538-3.2801	0.3101	137	0.2313	2590	98
3.2801-3.4293	0.3128	138	0.221	2631	99
3.4293-3.61	0.3073	138	0.2014	2609	99
3.61-3.8361	0.2179	139	0.192	2653	99
3.8361-4.132	0.2733	139	0.1698	2646	99
4.132-4.5474	0.2209	140	0.1702	2665	99
4.5474-5.2045	0.2268	141	0.1624	2674	100
5.2045-6.5533	0.2883	144	0.211	2745	99
6.5533-42.8192	0.2425	150	0.2044	2821	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2148	-0.4217	-0.7073	3.1566	-0.567	2.9209	-0.1904	0.6019	-0.176	0.5561	0.4068	0.5888	0.2795	-0.5721	-0.0007	0.3788	0.1945	0.1656	0.7939	-0.0012	0.446	-58.0874	-70.297	-32.7909
2	0.0282	-0.0973	-0.0073	0.4382	0.1926	0.5841	-0.6863	-0.0551	-0.0381	0.3954	0.2937	-0.0384	0.9045	0.2891	0.0004	0.9444	0.2332	0.3158	0.455	0.0053	0.4733	-63.7097	-45.8736	-8.5267
3	1.9232	0.1592	0.3467	1.9202	0.8494	2.7687	-0.1503	0.1464	0.0486	0.0687	0.0739	-0.063	0.2681	0.47	0.0001	0.3163	0.1018	0.0612	0.2693	0.0756	0.3096	-63.3937	-17.5487	-2.1283
4	0.0305	-0.1191	-0.0582	0.6751	0.1426	0.309	-0.7662	-0.0013	-0.4855	0.676	0.1624	0.144	0.6487	0.4229	-0.0004	0.7805	0.2548	0.2343	0.6181	0.042	0.5042	-58.9761	-50.1683	-11.0903
5	0.951	0.51	1.0907	2.3341	0.3719	2.0084	-0.3522	-0.4876	0.299	-0.7194	0.0926	0.1591	-0.546	-1.0967	-0.0005	0.5926	-0.1055	-0.0914	0.8644	-0.1863	0.5077	-54.436	67.1501	6.2091
6	0.0302	0.1303	-0.1579	0.3373	-0.1261	0.8345	-0.2412	-0.2474	-0.2032	-0.0271	0.1001	-0.3657	-1.0814	-0.4577	-0.0001	0.8125	-0.0588	0.01	0.4308	-0.1062	0.5719	-60.0035	43.418	-18.1128
7	2.2715	-0.4625	-0.4315	1.6587	0.8885	3.7502	-0.0829	-0.2999	-0.0156	-0.0282	0.0571	-0.0582	-0.2249	0.4209	0.0001	0.1431	-0.0886	0.0047	0.2194	0.0367	0.232	-62.046	15.3257	-26.5218
8	0.2284	-0.2262	-0.0675	0.6785	-0.1827	0.6463	-0.4417	-0.0789	0.5583	-0.7327	0.352	-0.4986	-1.2056	0.1806	-0.0003	0.7274	-0.1483	0.0713	0.5354	-0.1659	0.5407	-55.4731	47.3989	-15.1522

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 1:268	A	1 - 268
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESID 269:399	A	269 - 399
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND RESID 1:268	B	1 - 268
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND RESID 269:399	B	269 - 399
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN C AND RESID 1:268	C	1 - 268
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN C AND RESID 269:399	C	269 - 399
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN D AND RESID 1:268	D	1 - 268
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN D AND RESID 269:399	D	269 - 399

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)