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- PDB-3akp: Crystal structure of xylanase from Trichoderma longibrachiatum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3akp
タイトルCrystal structure of xylanase from Trichoderma longibrachiatum
要素xylanase
キーワードHYDROLASE / xylanase
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 ...Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Trichoderma longibrachiatum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Sugahara, M. / Kunishima, N.
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2011
タイトル: Packing Space Expansion of Protein Crystallization Screening with Synthetic Zeolite as a Heteroepitaxic Nucleant
著者: Sugahara, M. / Kageyama-Morikawa, Y. / Kunishima, N.
履歴
登録2010年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: xylanase
B: xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9535
ポリマ－41,6772
非ポリマー2763
水9,476526
1
A: xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0233
ポリマ－20,8381
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9312
ポリマ－20,8381
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.657, 38.831, 81.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 xylanase


分子量: 20838.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoderma longibrachiatum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8W669*PLUS, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE IS NO DATABASE REFERENCE SEQUENCE AT PROCESSING TIME.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: oil microbatch / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.2M sodium acetate, pH 8.5, oil microbatch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→40 Å / Num. all: 105854 / Num. obs: 105854 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 9839 / Rsym value: 0.442 / % possible all: 89.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.2→22.83 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 5312 -RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.181 105839 95.6 %-
all-105839 --
原子変位パラメータBiso mean: 9.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20.51 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3----0.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.14 Å0.13 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→22.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2960 0 18 526 3504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.013
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 459 -
Rwork0.256 --
obs-9328 89.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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