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- PDB-3ako: Crystal Structure of the Reassembled Venus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ako
タイトルCrystal Structure of the Reassembled Venus
要素(Venus) x 2
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Venus / GFP
機能・相同性HSP40/DNAj peptide-binding domain - #10 / HSP40/DNAj peptide-binding domain / Other non-globular / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Special / Beta Barrel / Mainly Beta / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL
機能・相同性情報
生物種Plant transformation vector pSITEII-4C1 (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Isogai, M. / Tada, T.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Structure and characteristics of reassembled fluorescent protein, a new insight into the reassembly mechanisms
著者: Isogai, M. / Kawamoto, Y. / Inahata, K. / Fukada, H. / Sugimoto, K. / Tada, T.
履歴
登録2010年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Venus
B: Venus
C: Venus
D: Venus
E: Venus
F: Venus
G: Venus
H: Venus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,65610
ポリマ－122,1898
非ポリマー4662
水11,728651
1
A: Venus
B: Venus


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5472
ポリマ－30,5472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area11110 Å2
手法PISA
2
C: Venus
D: Venus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6433
ポリマ－30,5472
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6440 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area10630 Å2
手法PISA
3
E: Venus
F: Venus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9183
ポリマ－30,5472
非ポリマー3701
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6990 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area10190 Å2
手法PISA
4
G: Venus
H: Venus


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5472
ポリマ－30,5472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.054, 116.046, 156.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Venus / YELLOW FLUORESCENT PROTEIN


分子量: 19895.383 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal fragment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plant transformation vector pSITEII-4C1 (その他)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質
Venus / YELLOW FLUORESCENT PROTEIN


分子量: 10651.938 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal fragment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plant transformation vector pSITEII-4C1 (その他)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 651 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE DATABASES OF THE ENTITIES ARE NOT AVAILABLE IN UNIPROT AT PRESENT. SEQUENCE OF ENTITY 1 IS ...SEQUENCE DATABASES OF THE ENTITIES ARE NOT AVAILABLE IN UNIPROT AT PRESENT. SEQUENCE OF ENTITY 1 IS THE SAME AS RESIDUES 1-155 OF GB ADE48838, WITH N-TERMINAL EXPRESSION TAG 'MGHHHHHHHHHHSSGHIERH'; RESIDUES 66 CR2 IS A CHOROMOPHORE, AND THE ORIGINAL SEQUENCE IS GLY-TYR-GLY. SEQUENCE OF ENTITY 2 IS THE SAME AS RESIDUES 156-239 OF GB ADE48838, WITH A MET AT N-TERMINAL AND C-TERMINAL EXPRESSION TAG 'LEHHHHHH'.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M HEPES, 0.2M lithium sulfate , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月28日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 63893 / Num. obs: 60532 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MYW

1myw


解像度: 2.1→49.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 4.276 / SU ML: 0.115 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22919 3231 5.1 %RANDOM
Rwork0.16693 ---
obs0.17007 60532 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.411 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7185 0 30 651 7866
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227554
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.781.97910231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1245933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.42125.054370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.044151305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6331529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.21095
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215793
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.91.54513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.68527296
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.66933041
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2774.52911
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 214 -
Rwork0.189 4391 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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