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万見
- PDB-3akk: Crystal structure of A Helicobacter pylori proinflammatory kinase CtkA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3akk
タイトルCrystal structure of A Helicobacter pylori proinflammatory kinase CtkA
要素CtkA
キーワードTRANSFERASE / protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytosol / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cytokine production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity ...host cell cytosol / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cytokine production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleotide binding / host cell nucleus / magnesium ion binding / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 - #120 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 - #20 / HipA-like, C-terminal / HipA-like C-terminal domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Serine/threonine-protein kinase CtkA
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kim, D.J. / Suh, S.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Helicobacter pylori proinflammatory protein up-regulates NF-kappaB as a cell-translocating Ser/Thr kinase
著者: Kim, D.J. / Park, K.-S. / Kim, J.-H. / Yang, S.-H. / Yoon, J.Y. / Han, B.-G. / Kim, H.S. / Lee, S.J. / Jang, J.Y. / Kim, K.H. / Kim, M.J. / Song, J.-S. / Kim, H.-J. / Park, C.-M. / Lee, S.-K. ...著者: Kim, D.J. / Park, K.-S. / Kim, J.-H. / Yang, S.-H. / Yoon, J.Y. / Han, B.-G. / Kim, H.S. / Lee, S.J. / Jang, J.Y. / Kim, K.H. / Kim, M.J. / Song, J.-S. / Kim, H.-J. / Park, C.-M. / Lee, S.-K. / Lee, B.I. / Suh, S.W.
履歴
登録2010年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CtkA
B: CtkA
C: CtkA
D: CtkA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,42112
ポリマ－150,6154
非ポリマー1,8068
水5,567309
1
A: CtkA
B: CtkA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2106
ポリマ－75,3072
非ポリマー9034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area25540 Å2
手法PISA
2
C: CtkA
D: CtkA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2106
ポリマ－75,3072
非ポリマー9034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area24730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.832, 69.563, 75.636
Angle α, β, γ (deg.)105.99, 108.82, 92.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細AUTHOR STATED THAT THE INFORMATION ABOUT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY WAS INDEFINITE CURRENTLY.

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要素

#1: タンパク質
CtkA


分子量: 37653.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: J99 / 遺伝子: jhp_0940 / プラスミド: pET 21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) pLysS
参照: UniProt: Q9ZKJ5, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.6 % / Mosaicity: 0.878 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 100mM sodium acetate, 0.2M sodium thiocyanate, 20% (v/v) PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 4A11
シンクロトロンPAL/PLS 4A21.0064, 1.0084, 1.0087, 0.9918
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD
ADSC QUANTUM 315r2CCD2009年5月14日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.00641
31.00841
41.00871
50.99181
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 36499 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.186 / Net I/σ(I): 18.485
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Num. unique all: 1774 / Χ2: 0.786 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX1.5_2精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.896 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.36 / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 27.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2613 1772 5.03 %
Rwork0.1716 --
obs0.1761 35202 94.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.049 Å2 / ksol: 0.305 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 105.4 Å2 / Biso mean: 35.317 Å2 / Biso min: 11.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0121 Å2-2.6986 Å29.5594 Å2
2--1.0467 Å2-1.5037 Å2
3----1.0588 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.896 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9390 0 112 309 9811

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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