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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3akd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CMP kinase in complex with CDP from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
![]() | Cytidylate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / CMP kinase / CDP complex / open conformation / nucleotide metabolism | ||||||
機能・相同性 | ![]() (d)CMP kinase / CMP kinase activity / dCMP kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / phosphorylation / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mega, R. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Masui, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of the tertiary complex of CMP kinase with a phosphoryl group acceptor and a donor from Thermus thermophilus HB8 著者: Mega, R. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Masui, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 804.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 809.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22584.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / 遺伝子: TTHA0458 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CDP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M BIS-TRIS propane, 3.5M sodium formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月6日 |
放射 | モノクロメーター: transparent diamond double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 29707 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 53 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1768 / % possible all: 55.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2CMK 解像度: 1.6→38.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1453360.21 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.9677 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.016
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Xplor file |
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