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万見
- PDB-3ajv: Splicing endonuclease from Aeropyrum pernix -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ajv
タイトルSplicing endonuclease from Aeropyrum pernix
要素
  • Putative uncharacterized protein
  • tRNA-splicing endonuclease
キーワードHYDROLASE / EndA / splicing endonuclease / tRNA splicing / Archaea Crenarchaea
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / nucleic acid binding / lyase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
tRNA-intron endonuclease SEN2-like, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease, archaeal short subfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily ...tRNA-intron endonuclease SEN2-like, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease, archaeal short subfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease catalytic domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aeropyrum pernix (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yoshinari, S. / Watanabe, Y. / Okuda, M. / Shiba, T. / Inaoka, K.D. / Kurisu, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: A Conserved Lysine Residue in the Crenarchaea-Specific Loop is Important for the Crenarchaeal Splicing Endonuclease Activity.
著者: Okuda, M. / Shiba, T. / Inaoka, D.K. / Kita, K. / Kurisu, G. / Mineki, S. / Harada, S. / Watanabe, Y. / Yoshinari, S.
履歴
登録2010年6月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Other
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: tRNA-splicing endonuclease
C: Putative uncharacterized protein
D: tRNA-splicing endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,65616
ポリマ－82,6654
非ポリマー99212
水9,890549
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10990 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area28810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.334, 95.334, 253.819
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / tRNA-splicing endonuclease subunit alpha


分子量: 20770.818 Da / 分子数: 2 / 変異: attached His-tag sequence at its N-terminus / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 株: K1 / 遺伝子: APE0685, APE1646, APE_0685 / プラスミド: pETDuet-6xHis-APE-EndA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami(DE3) / 参照: UniProt: Q9YE85
#2: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease / tRNA-intron endonuclease


分子量: 20561.486 Da / 分子数: 2 / 変異: H133A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 遺伝子: endA, APE_1646.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YBF1, EC: 3.1.27.9
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 20mM Tris-HCl (pH 8.0), 750mM KCl, 10% (v/v) glycerol, 0.2M NaCl, 0.1M phosphate-citrate (pH 4.2), 10% (w/v) PEG3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A11
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A21.0717
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2701CCD2008年12月13日
ADSC QUANTUM 2702CCD2008年11月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.07171
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.946
11K, H, -L20.054
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 92608 / Num. obs: 90770 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 85.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 3.723 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22893 4695 5.1 %RANDOM
Rwork0.21751 ---
all0.21809 92608 --
obs0.21809 88149 98.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.14 Å20 Å20 Å2
2--4.14 Å20 Å2
3----8.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5336 0 62 549 5947
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5051.9867778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2275742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.0921.142254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.0715966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0711575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9441.53521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58925671
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.47532215
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9654.52092
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 290 -
Rwork0.306 5530 -
obs-5530 83.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.20270.06720.42590.3261-0.31541.6772-0.0198-0.08360.04280.0824-0.02160.0248-0.0884-0.13740.04130.08470.0417-0.01340.1365-0.03050.06324.75111.678251.293
20.7187-0.32650.24871.0142-0.10611.7764-0.00170.02140.045-0.1168-0.0095-0.0029-0.2676-0.02920.01110.0641-0.0036-0.0130.0289-0.00930.078415.19527.601213.435
30.8336-0.33770.26070.6642-0.19731.93680.06270.18750.0188-0.2228-0.1173-0.0153-0.02580.02560.05460.10110.01220.00510.0657-0.00360.034522.30713.983191.014
40.8036-0.3480.13511.1811-0.15592.2934-0.0627-0.0911-0.05140.11730.0714-0.03080.18620.2107-0.00860.0420.01660.00370.05330.00090.085631.855-0.492227.893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 186
3X-RAY DIFFRACTION3C10 - 170
4X-RAY DIFFRACTION4D9 - 186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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