PDB-3aja: Crystal Structure of MSMEG_6394

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3aja

タイトル

Crystal Structure of MSMEG_6394

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / alpha-beta hydrolase / serine esterase / cutinase / lipase

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / carboxylic ester hydrolase activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Vivian, J.P. / Scoble, J. / Beddoe, T. / Rossjohn, J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Functional characterisation of a lipase essential for mycobacterial viability
著者: Crellin, P.K. / Vivian, J.P. / Scoble, J. / Chow, F.M. / West, N.P. / Brammananth, R. / Proellocks, N.I. / Shahine, A. / Le Nours, J. / Wilce, M.C.J. / Britton, W.J. / Coppel, R.L. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.

履歴

登録	2010年5月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3aja.cif.gz	207.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3aja.ent.gz	177 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3aja.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3aja_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3aja_full_validation.pdf.gz	452 KB	表示
XML形式データ	3aja_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	3aja_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/3aja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/3aja	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2cxa-d 1oaa-d 6b22-d 1zjr-d 6eci-9 5whb-3 6ebc-1 2dps-1 1nas-d 1nls-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

64.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein

登録者が定義した集合体
32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative uncharacterized protein

登録者が定義した集合体
32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.434, 130.434, 209.533
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / MSMEG_6394 protein 分子量: 32149.891 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 36-337 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: strain ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_6394 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: A0R619
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative uncharacterized protein / MSMEG_6394 protein

分子量: 32149.891 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 36-337 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: strain ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_6394 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: A0R619

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.5 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 2.1M sodium formate, 0.1M BisTris-propane, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.97941, 0.97930, 0.96411

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97941	1
2	0.9793	1
3	0.96411	1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 20363 / Num. obs: 20363 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 114 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.3

反射シェル

解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 2909 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0088	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.9→29.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 37.613 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24973	932	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21302	-	-	-
obs	0.21488	17098	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 103.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.18 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3924	0	0	32	3956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	4025
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.508	1.957	5503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.817	5	521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.605	25.169	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.035	15	589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.852	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	607
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.022	3160
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.462	1.5	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.849	2	4213
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.547	3	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.401	4.5	1290

Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	1645	tight positional	0.1	0.05
2	2	250	medium positional	0.15	0.5
1	1	1645	tight thermal	0.16	0.5
2	2	250	medium thermal	0.96	2

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.359	34	-
R_work	0.367	560	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6263	1.4158	0.5366	4.3375	1.3839	3.8462	0.3537	0.409	-0.1802	0.0312	-0.0145	-0.1241	0.3975	0.119	-0.3392	0.7813	0.2494	0.026	0.1106	-0.0006	0.2797	71.16	31.382	9.465
2	3.525	0.3102	-0.6713	4.259	-0.1466	4.4564	0.048	0.243	-0.0098	0.1795	-0.0093	0.4574	-0.3667	-0.6912	-0.0387	0.5756	-0.0701	0.1115	0.2042	0.0164	0.244	40.839	13.503	33.592

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	71 - 334
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	71 - 334

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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