- PDB-3aj1: The structure of AxCeSD octamer (N-terminal HIS-tag) from Acetoba... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3aj1
タイトル
The structure of AxCeSD octamer (N-terminal HIS-tag) from Acetobacter xylinum
要素
Cellulose synthase operon protein D
キーワード
BIOSYNTHETIC PROTEIN / ALPHA AND BETA FOLD / OCTAMER / TETRAMER OF DIMERS / MOLECULE RING / CELLULOSE BIOSYNTHESIS / STRUCTURAL GENOMICS / NPPSFA / NATIONAL PROJECT ON PROTEIN STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ANALYSES
機能・相同性
機能・相同性情報
cellulose biosynthetic process / identical protein binding 類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3790 / Alpha-Beta Plaits - #2590 / Cellulose synthase operon protein D, bacterial / Cellulose synthase subunit D superfamily / Cellulose synthase subunit D / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
A: Cellulose synthase operon protein D B: Cellulose synthase operon protein D C: Cellulose synthase operon protein D D: Cellulose synthase operon protein D E: Cellulose synthase operon protein D F: Cellulose synthase operon protein D G: Cellulose synthase operon protein D H: Cellulose synthase operon protein D
解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 51353 / Num. obs: 51353 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 48.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル
解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.423 / % possible all: 86.3
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
HKL-2000
データ収集
SOLVE
位相決定
REFMAC
5.5.0102
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 10.326 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.75 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.25708
4883
9.9 %
RANDOM
Rwork
0.20333
-
-
-
obs
0.2086
44637
99.43 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK