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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ais | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a mutant beta-glucosidase in wheat complexed with DIMBOA-Glc | ||||||
![]() | Beta-glucosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / TIM barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase / DIMBOA glucoside beta-D-glucosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / chloroplast / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sue, M. / Nakamura, C. / Miyamoto, T. / Yajima, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Active-site architecture of benzoxazinone-glucoside beta-D-glucosidases in Triticeae 著者: Sue, M. / Nakamura, C. / Miyamoto, T. / Yajima, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 466.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 475.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64108.543 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 50-569 / 変異: E191A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 糖 | ChemComp-BGC / |
#3: 化合物 | ChemComp-HBK / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 10mM HEPES, 1M LiSO4, 150mM NaCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月17日 |
放射 | モノクロメーター: triangular Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 63693 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.2 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 35.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.983 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2DGA 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.808 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
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