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- PDB-3aig: ADAMALYSIN II WITH PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR POL656 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aig
タイトルADAMALYSIN II WITH PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR POL656
要素ADAMALYSIN II
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SNAKE VENOM METALLOENDOPETIDASE / ZINC PROTEASE / METALLOPROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


adamalysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Furoyl-LeusycloTrp; Po1656 / Chem-0ZC / : / Snake venom metalloproteinase adamalysin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Crotalus adamanteus (ヘビ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gomis-Rueth, F.X. / Meyer, E.F. / Kress, L.F. / Politi, V.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Structures of adamalysin II with peptidic inhibitors. Implications for the design of tumor necrosis factor alpha convertase inhibitors.
著者: Gomis-Ruth, F.X. / Meyer, E.F. / Kress, L.F. / Politi, V.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Refined 2.0 A X-Ray Crystal Structure of the Snake Venom Zinc-Endopeptidase Adamalysin II. Primary and Tertiary Structure Determination, Refinement, Molecular Structure and Comparison ...タイトル: Refined 2.0 A X-Ray Crystal Structure of the Snake Venom Zinc-Endopeptidase Adamalysin II. Primary and Tertiary Structure Determination, Refinement, Molecular Structure and Comparison with Astacin, Collagenase and Thermolysin
著者: Gomis-Ruth, F.X. / Kress, L.F. / Kellermann, J. / Mayr, I. / Lee, X. / Huber, R. / Bode, W.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: First Structure of a Snake Venom Metalloproteinase: A Prototype for Matrix Metalloproteinases/Collagenases
著者: Gomis-Ruth, F.X. / Kress, L.F. / Bode, W.
履歴
登録1997年10月12日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: database_2 / entity_poly ...database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADAMALYSIN II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7785
ポリマ－23,1521
非ポリマー6254
水2,324129
1
A: ADAMALYSIN II
ヘテロ分子

A: ADAMALYSIN II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,55510
ポリマ－46,3052
非ポリマー1,2508
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556x,x-y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)73.550, 73.550, 96.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ADAMALYSIN II


分子量: 23152.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Crotalus adamanteus (ヘビ) / Secretion: VENOM / 参照: GenBank: 547144, UniProt: P34179*PLUS, adamalysin

-
非ポリマー , 5種, 133分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-0ZC / (3R)-2-[N-(furan-2-ylcarbonyl)-L-leucyl]-2,3,4,9-tetrahydro-1H-beta-carboline-3-carboxylic acid / Furoyl-LeusycloTrp / Po1656


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 423.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N3O5 / 参照: Furoyl-LeusycloTrp; Po1656
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE USED IN THIS ENTRY WAS DETERMINED BY A COMBINATION OF CHEMICAL AND X-RAY SEQUENCING.
由来についての詳細THE N-TERMINUS WAS BLOCKED AGAINST AMINOPEPTIDASE ACTIVITY BY GLUTAMINE CYCLIZATION TO RENDER ...THE N-TERMINUS WAS BLOCKED AGAINST AMINOPEPTIDASE ACTIVITY BY GLUTAMINE CYCLIZATION TO RENDER PYROGLUTAMATE. THIS RESIDUE WAS NOT MODELLED DUE TO LACK OF DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.22 %
結晶化詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: unknown / 詳細: Gomis-Ruth, F.X., (1993) Embo J., 12, 4151.
溶液の組成
*PLUS
濃度: 1.8 M / 一般名: ammonium sulfate

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射モノクロメーター: NI-FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 8311 / % possible obs: 78.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.63 Å / % possible all: 45.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 18531
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 45.7 % / 冗長度: 1.7 % / Num. unique obs: 680 / Num. measured obs: 1153 / Rmerge(I) obs: 0.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNESデータ収集
ABSCORR/CCP4データ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MADNESデータ削減
ABSCORRデータスケーリング
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: NATIVE ADAMALYSIN II (PDB ENTRY 1IAG)

1iag


解像度: 2.8→7 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.194 -
obs0.194 5926
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1616 0 38 129 1783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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