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- PDB-3ahp: Crystal structure of stable protein, CutA1, from a psychrotrophic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ahp
タイトルCrystal structure of stable protein, CutA1, from a psychrotrophic bacterium Shewanella sp. SIB1
要素CutA1
キーワードELECTRON TRANSPORT / CutA1 / thermostable protein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to metal ion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Divalent ion tolerance protein, CutA / CutA1 divalent ion tolerance protein / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Shewanella (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tanaka, S. / Angkawidjaja, C. / Koga, Y. / Takano, K. / Kanaya, S.
引用ジャーナル: J.SYNCHROTRON RADIAT. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of stable protein CutA1 from psychrotrophic bacterium Shewanella sp. SIB1
著者: Sato, A. / Yokotani, S. / Tadokoro, T. / Tanaka, S.I. / Angkawidjaja, C. / Koga, Y. / Takano, K. / Kanaya, S.
履歴
登録2010年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CutA1
B: CutA1
C: CutA1
D: CutA1
E: CutA1
F: CutA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5946
ポリマ－72,5946
非ポリマー00
水1,13563
1
A: CutA1
B: CutA1
C: CutA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2973
ポリマ－36,2973
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area13530 Å2
手法PISA
2
D: CutA1
E: CutA1
F: CutA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2973
ポリマ－36,2973
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area13490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.671, 134.671, 128.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
CutA1


分子量: 12098.943 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shewanella (バクテリア) / 株: SIB1 / プラスミド: pET-25b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E7FH74*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE DEPOSITED IN THE SEQUENCE DATABASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 2.0M Na/K-phosphate, 100mM acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rh mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 33076 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rsym value: 0.143 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 3.03 / Num. unique all: 1627 / Rsym value: 0.689 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BL38B1BSS softwareデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NAQ

1naq


解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 9.355 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.381 / ESU R Free: 0.288
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26059 1673 5.1 %RANDOM
Rwork0.20517 ---
obs0.20798 31314 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.397 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5004 0 0 63 5067
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3121.967020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.3125634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg46.63526.168214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.41315826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.669156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0223876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2861.53224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.44625288
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.72731904
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7484.51732
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 131 -
Rwork0.258 2236 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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