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- PDB-3ahe: Phosphoketolase from Bifidobacterium Breve complexed with dihydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ahe
タイトルPhosphoketolase from Bifidobacterium Breve complexed with dihydroxyethyl thiamine diphosphate
要素Xylulose 5-phosphate/fructose 6-phosphate phosphoketolase
キーワードLYASE / THIAMINE DIPHOSPHATE-DEPENDENT ENZYME / ALPHA-BETA FOLD / HOMODIMER / DIHYDROXYETHYL THIAMINE DIPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 / aldehyde-lyase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Probable phosphoketolase / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase, C-terminal / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase, N-terminal / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase, thiamine diphosphate binding site / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase, conserved site / D-xylulose 5-phosphate/D-fructose 6-phosphate phosphoketolase / XFP C-terminal domain / XFP N-terminal domain / Phosphoketolase signature 1. ...Probable phosphoketolase / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase, C-terminal / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase, N-terminal / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase, thiamine diphosphate binding site / Xylulose 5-phosphate/Fructose 6-phosphate phosphoketolase, conserved site / D-xylulose 5-phosphate/D-fructose 6-phosphate phosphoketolase / XFP C-terminal domain / XFP N-terminal domain / Phosphoketolase signature 1. / Phosphoketolase signature 2. / Rossmann fold - #920 / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-THD / Probable phosphoketolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium breve (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Suzuki, R. / Katayama, T. / Kim, B.-J. / Wakagi, T. / Shoun, H. / Ashida, H. / Yamamoto, K. / Fushinobu, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of phosphoketolase: thiamine diphosphate-dependent dehydration mechanism
著者: Suzuki, R. / Katayama, T. / Kim, B.-J. / Wakagi, T. / Shoun, H. / Ashida, H. / Yamamoto, K. / Fushinobu, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Overexpression, crystallization and preliminary X-ray analysis of xylulose-5-phosphate/fructose-6-phosphate phosphoketolase from Bifidobacterium breve
著者: Suzuki, R. / Kim, B.-J. / Shibata, T. / Iwamoto, Y. / Katayama, T. / Ashida, H. / Wakagi, T. / Shoun, H. / Fushinobu, S. / Yamamoto, K.
履歴
登録2010年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylulose 5-phosphate/fructose 6-phosphate phosphoketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,59216
ポリマ－94,9631
非ポリマー1,62915
水14,358797
1
A: Xylulose 5-phosphate/fructose 6-phosphate phosphoketolase
ヘテロ分子

A: Xylulose 5-phosphate/fructose 6-phosphate phosphoketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,18432
ポリマ－189,9262
非ポリマー3,25830
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area10590 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area46700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.529, 173.529, 163.516
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1586-

HOH

21A-1622-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Xylulose 5-phosphate/fructose 6-phosphate phosphoketolase / PHOSPHOKETOLASE


分子量: 94962.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium breve (バクテリア)
株: 203 / 遺伝子: xfp / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: D6PAH1, fructose-6-phosphate phosphoketolase

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非ポリマー , 6種, 812分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-THD / 2-[3-[(4-AMINO-2-METHYL-5-PYRIMIDINYL)METHYL]-2-(1,2-DIHYDROXYETHYL)-4-METHYL-1,3-THIAZOL-3-IUM-5-YL]ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ({ALPHA,BETA}-DIHYDROXYETHYL)-THIAMIN DIPHOSPHATE


分子量: 484.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N4O9P2S
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 797 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細AUTHORS STATE THAT LIGAND DENOTED AS THD IS PRESENT IN THE CRYSTAL STRUCTURE IN THE FORM OF A- ...AUTHORS STATE THAT LIGAND DENOTED AS THD IS PRESENT IN THE CRYSTAL STRUCTURE IN THE FORM OF A-CARBOANION. THD IS DESCRIBED IN THE CHEMICAL COMPONENT DICTIONARY IN ITS NEUTRAL ENAMINE CANONICAL FORM.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 24%(v/v) PEG 6000, 0.1M BICINE buffer, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 72417 / Num. obs: 72387 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 42.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 11 / Num. unique all: 3587 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.5.0102位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AHC

3ahc


解像度: 2.1→49.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.637 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20639 3637 5 %RANDOM
Rwork0.16066 ---
obs0.16294 68524 99.73 %-
all-72387 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.304 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.144 Å0.149 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6379 0 104 797 7280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0226651
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0661.9469003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9185801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.12124.551334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.018151044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3981533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1660.2943
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0215161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.191.53993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91626432
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.32832658
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7434.52571
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 254 -
Rwork0.224 5030 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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