PDB-3aet: Structure of the light-independent protochlorophyllide reductase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3aet

タイトル

Structure of the light-independent protochlorophyllide reductase catalyzing a key reduction for greening in the dark

要素

Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B
Light-independent protochlorophyllide reductase subunit N

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Iron/sulfur cluster / Bacteriochlorophyll biosynthesis / Chlorophyll biosynthesis / Photosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

ferredoxin:protochlorophyllide reductase (ATP-dependent) / photosynthesis, dark reaction / light-independent bacteriochlorophyll biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodobacter capsulatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.91 Å

データ登録者

Muraki, N. / Nomata, J. / Shiba, T. / Fujita, Y. / Kurisu, G.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: X-ray crystal structure of the light-independent protochlorophyllide reductase
著者: Muraki, N. / Nomata, J. / Ebata, K. / Mizoguchi, T. / Shiba, T. / Tamiaki, H. / Kurisu, G. / Fujita, Y.

履歴

登録	2010年2月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3aet.cif.gz	326.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3aet.ent.gz	257.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3aet.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3aet_validation.pdf.gz	492.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3aet_full_validation.pdf.gz	536 KB	表示
XML形式データ	3aet_validation.xml.gz	58.7 KB	表示
CIF形式データ	3aet_validation.cif.gz	80.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/3aet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/3aet	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3aekC 3aeqC 3aerC 3aesC 3aeuC 2zmp PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3aeq-d 3aer-d 3aeu-d 3aek-d 3aes-d 2xdq-1 4gyw-d 4gyy-d 3u7q-d 3pe4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Light-independent protochlorophyllide reductase subunit N

B: Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B

C: Light-independent protochlorophyllide reductase subunit N

D: Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B

ヘテロ分子

210 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.442, 81.440, 95.864
Angle α, β, γ (deg.)	102.53, 110.89, 94.44
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D
1	3	A
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	ALA	ALA	3	A	A	7 - 80	19 - 92
2	1	THR	THR	ALA	ALA	3	C	C	7 - 80	19 - 92
1	2	MET	MET	GLU	GLU	3	B	B	1 - 420	1 - 420
2	2	MET	MET	GLU	GLU	3	D	D	1 - 420	1 - 420
1	3	ASP	ASP	GLY	GLY	4	A	A	90 - 421	102 - 433
2	3	ASP	ASP	ASN	ASN	4	C	C	90 - 420	102 - 432

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Light-independent protochlorophyllide reductase subunit N / LI-POR subunit N / DPOR subunit N / dark-operative protochlorophyllide oxidoreductase N-protein 分子量: 47212.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) 遺伝子: bchN / プラスミド: PASK-IBA5PLUS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P26164, EC: 1.18.-.-
#2: タンパク質	Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B / LI-POR subunit B / DPOR subunit B / dark-operative protochlorophyllide oxidoreductase B-protein 分子量: 57249.590 Da / 分子数: 2 / Mutation: D36C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) 遺伝子: bchB, bchK / プラスミド: PASK-IBA5PLUS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P26163, EC: 1.18.-.-
#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG3350, 0.2M SODIUM CLORIDE, 0.1M MOPS-NAOH(PH7.0), pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 42863 / Observed criterion σ(I): -2 / B_iso Wilson estimate: 69.55 Å² / R_merge(I) obs: 0.093

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZMP

2zmp
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.91→40.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 42.917 / SU ML: 0.371 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.474 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.275	2171	5.1 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
obs	0.215	40688	89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.88 Å²	1 Å²	-0.63 Å²
2-	-	-2.41 Å²	-0.87 Å²
3-	-	-	-2.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.91→40.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12760	0	16	6	12782

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	13052
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.484	1.98	17759
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.947	5	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.486	23.086	538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.76	15	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.934	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	2060
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	6629
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	8950
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	454
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.256	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.18	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.419	1.5	8501
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.765	2	13373
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.072	3	5003
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.844	4.5	4362
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	296	tight positional	0.06	0.05
2	B	1680	tight positional	0.04	0.05
3	A	2531	medium positional	0.36	0.5
1	A	275	loose positional	0.57	5
2	B	1538	loose positional	0.51	5
1	A	296	tight thermal	0.1	0.5
2	B	1680	tight thermal	0.11	0.5
3	A	2531	medium thermal	0.28	2
1	A	275	loose thermal	0.8	10
2	B	1538	loose thermal	0.87	10

LS精密化シェル

解像度: 2.91→2.98 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.477	92	-
R_work	0.379	1732	-
obs	-	-	51.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1637	0.1441	0.5463	0.773	-0.0355	1.3269	0.0686	0.1083	-0.04	-0.3405	-0.0581	0.0199	0.2736	0.0095	-0.0105	0.1822	0.0403	0.0309	-0.0915	-0.0759	-0.178	-12.6769	-19.5008	-28.7768
2	0.667	0.0487	0.0282	1.224	0.3518	1.7164	0.0017	0.0911	-0.0723	0.0534	-0.1754	-0.2766	0.4146	0.2086	0.1737	-0.0622	0.127	0.0544	-0.0947	0.09	0.0104	11.1162	-19.7841	-1.0198
3	0.9321	-0.0842	-0.5335	0.7448	-0.2121	1.33	0.0105	-0.0693	0.017	0.3492	-0.0733	0.0596	-0.2133	-0.0517	0.0629	0.1693	-0.0381	-0.0561	-0.1493	-0.0599	-0.1847	-12.9574	19.4563	28.7532
4	0.434	-0.1357	0.0824	1.3293	0.2365	1.5914	-0.0411	0.0711	0.0981	-0.0647	-0.186	-0.3081	-0.2866	0.1915	0.2271	-0.1157	-0.1372	-0.0375	-0.1192	0.1266	0.0485	10.7368	20.0087	0.9257

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 421
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 420
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	7 - 420
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 420

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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