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- PDB-3aek: Structure of the light-independent protochlorophyllide reductase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aek
タイトルStructure of the light-independent protochlorophyllide reductase catalyzing a key reduction for greening in the dark
要素
  • Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B
  • Light-independent protochlorophyllide reductase subunit N
キーワードOXIDOREDUCTASE / Iron/sulfur cluster / Bacteriochlorophyll biosynthesis / Chlorophyll biosynthesis / Photosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin:protochlorophyllide reductase (ATP-dependent) / photosynthesis, dark reaction / light-independent bacteriochlorophyll biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 - #20 / Light-independent protochlorophyllide reductase, N subunit / : / Light-independent protochlorophyllide reductase, B subunit / Protochlorophyllide reductase, ChlB, light independent / Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B-like, C-terminal / Proto-chlorophyllide reductase, C-terminal / Proto-chlorophyllide reductase 57 kD subunit / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 ...Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 - #20 / Light-independent protochlorophyllide reductase, N subunit / : / Light-independent protochlorophyllide reductase, B subunit / Protochlorophyllide reductase, ChlB, light independent / Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B-like, C-terminal / Proto-chlorophyllide reductase, C-terminal / Proto-chlorophyllide reductase 57 kD subunit / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protochlorophyllide / IRON/SULFUR CLUSTER / Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B / Light-independent protochlorophyllide reductase subunit N
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Muraki, N. / Nomata, J. / Shiba, T. / Fujita, Y. / Kurisu, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: X-ray crystal structure of the light-independent protochlorophyllide reductase
著者: Muraki, N. / Nomata, J. / Ebata, K. / Mizoguchi, T. / Shiba, T. / Tamiaki, H. / Kurisu, G. / Fujita, Y.
履歴
登録2010年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22016年3月16日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light-independent protochlorophyllide reductase subunit N
B: Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B
C: Light-independent protochlorophyllide reductase subunit N
D: Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,0218
ポリマ－209,0914
非ポリマー1,9294
水12,845713
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16110 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area57240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.596, 81.219, 175.928
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Light-independent protochlorophyllide reductase subunit N / LI-POR subunit N / DPOR subunit N / dark-operative protochlorophyllide oxidoreductase N-protein


分子量: 47284.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
遺伝子: bchN / プラスミド: PBBR1MCS2 / 発現宿主: rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P26164, EC: 1.18.-.-
#2: タンパク質 Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B / LI-POR subunit B / DPOR subunit B / dark-operative protochlorophyllide oxidoreductase B-protein


分子量: 57261.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
遺伝子: bchB, bchK / プラスミド: PBBR1MCS2 / 発現宿主: rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P26163, EC: 1.18.-.-
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-PMR / Protochlorophyllide


分子量: 612.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H32MgN4O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 16% PEG4000, 0.2M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE(PH5.0), pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 100467 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -2 / Biso Wilson estimate: 41.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZMP

2zmp
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.3→34.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 11.279 / SU ML: 0.15 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 5015 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.193 95395 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20.72 Å2
2--1.25 Å20 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12724 0 106 713 13543
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02213166
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3211.98817931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.60651669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.90723.111540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.317152146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg1815108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.22062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.26441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.28902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2826
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3711.58330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.72213385
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14834960
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9334.54522
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 378 -
Rwork0.236 6872 -
obs--98.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8464-0.2751-0.28821.45180.30351.3392-0.0240.1514-0.0835-0.1071-0.06360.05080.1119-0.06450.0876-0.0756-0.05570.0429-0.0969-0.0161-0.178256.141436.9007100.7611
21.2593-0.1252-0.67930.81850.06391.63510.0453-0.17830.1845-0.06660.0241-0.0719-0.22660.2625-0.0695-0.1298-0.0947-0.0204-0.0939-0.0387-0.087958.039361.6206128.0195
31.16850.4041-0.13171.2642-0.42271.42380.0281-0.2911-0.09430.0278-0.0713-0.02260.08930.00060.0432-0.15590.03230.0392-0.035-0.0092-0.14117.087541.733158.3245
41.61120.249-0.87970.73540.16771.76270.06280.18930.3319-0.0858-0.00770.1508-0.2482-0.3148-0.0551-0.11430.0988-0.061-0.08260.0309-0.010118.261464.2936129.2275
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 421
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 418
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 420
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 418

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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