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万見
- PDB-3aeh: Integral membrane domain of autotransporter Hbp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aeh
タイトルIntegral membrane domain of autotransporter Hbp
要素Hemoglobin-binding protease hbp autotransporter
キーワードHYDROLASE / BETA-BARREL / AUTO-PROTEOLYTIC / REACTION INTERMEDIATE / MUTANT / Cell membrane / Cell outer membrane / Membrane / Protease / Secreted / Serine protease / Transmembrane / Virulence / INTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cell outer membrane / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / cell surface / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Autotransporter beta-domain / : / Peptidase S6, IgA endopeptidase / Peptidase family S6 domain / Immunoglobulin A1 protease / Peptidase family S6 domain profile. / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. ...Autotransporter beta-domain / : / Peptidase S6, IgA endopeptidase / Peptidase family S6 domain / Immunoglobulin A1 protease / Peptidase family S6 domain profile. / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Pectin lyase fold/virulence factor / Lipocalin / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemoglobin-binding protease hbp autotransporter
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tajima, N. / Park, S.-Y. / Tame, J.R.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: A novel intein-like autoproteolytic mechanism in autotransporter proteins.
著者: Tajima, N. / Kawai, F. / Park, S.Y. / Tame, J.R.
履歴
登録2010年2月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年1月18日Group: Database references
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin-binding protease hbp autotransporter
B: Hemoglobin-binding protease hbp autotransporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0312
ポリマ－68,0312
非ポリマー00
水5,080282
1
A: Hemoglobin-binding protease hbp autotransporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0151
ポリマ－34,0151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hemoglobin-binding protease hbp autotransporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0151
ポリマ－34,0151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.011, 68.893, 78.378
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細1

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin-binding protease hbp autotransporter / Hemoglobin-binding protease hbp / Hemoglobin-binding protease hbp translocator / Helper peptide / ...Hemoglobin-binding protease hbp / Hemoglobin-binding protease hbp translocator / Helper peptide / Hbp / haemoglobin protease


分子量: 34015.469 Da / 分子数: 2 / 断片: barrel domain / 変異: N1100D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hbp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O88093, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 55% (v/v) MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月26日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.9 Å / Num. obs: 46742 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→48.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.051 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22179 2280 5 %RANDOM
Rwork0.17461 ---
obs0.17696 42940 96.74 %-
all-45233 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.725 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å2-0.03 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4310 0 0 282 4592
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0214406
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0671.9265942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9095552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.27423.478230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.89315694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2251534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.180.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3321.52706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.44924263
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.09731700
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2684.51677
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2154 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.360.05
tight thermal0.440.5
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 160 -
Rwork0.184 3050 -
obs--92.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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