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- PDB-3adk: REFINED STRUCTURE OF PORCINE CYTOSOLIC ADENYLATE KINASE AT 2.1 AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3adk
タイトルREFINED STRUCTURE OF PORCINE CYTOSOLIC ADENYLATE KINASE AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION
要素ADENYLATE KINASE
キーワードTRANSFERASE(PHOSPHOTRANSFERASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nucleoside-phosphate kinase / dAMP kinase activity / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / adenylate kinase / AMP kinase activity / nucleoside-diphosphate kinase / nucleoside diphosphate kinase activity ...Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nucleoside-phosphate kinase / dAMP kinase activity / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / adenylate kinase / AMP kinase activity / nucleoside-diphosphate kinase / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP metabolic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase isoenzyme 1 / Adenylate kinase, isozyme 1/5 / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenylate kinase isoenzyme 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schulz, G.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Refined structure of porcine cytosolic adenylate kinase at 2.1 A resolution.
著者: Dreusicke, D. / Karplus, P.A. / Schulz, G.E.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1986
タイトル: Structural Relationships in the Adenylate Kinase Family
著者: Schulz, G.E. / Schiltz, E. / Tomasselli, A.G. / Frank, R. / Brune, M. / Wittinghofer, A. / Schirmer, R.H.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1986
タイトル: The Glycine-Rich Loop of Adenylate Kinase Forms a Giant Anion Hole
著者: Dreusicke, D. / Schulz, G.E.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977
タイトル: Two Conformations of Crystalline Adenylate Kinase
著者: Sachsenheimer, W. / Schulz, G.E.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977
タイトル: Substrate Positions and Induced-Fit in Crystalline Adenylate Kinase
著者: Pai, E.F. / Sachsenheimer, W. / Schirmer, R.H. / Schulz, G.E.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1974
タイトル: Three-Dimensional Structure of Adenylate Kinase
著者: Schulz, G.E. / Elzinga, M. / Marx, F. / Schirmer, R.H.
#6: ジャーナル: Nature / 年: 1974
タイトル: Topological Comparison of Adenylate Kinase with Other Proteins
著者: Schulz, G.E. / Schirmer, R.H.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1974
タイトル: Comparison of Predicted and Experimentally Determined Secondary Structure of Adenylate Kinase
著者: Schulz, G.E. / Barry, C.D. / Friedman, J. / Chou, P.Y. / Fasman, G.D. / Finkelstein, A.V. / Lim, V.I. / Ptitsyn, O.B. / Kabat, E.A. / Wu, T.T. / Levitt, M. / Robson, B. / Nagano, K.
#8: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1974
タイトル: The Amino-Acid Sequence of Porcine Adenylate Kinase from Skeletal Muscle
著者: Heil, A. / Mueller, G. / Noda, L. / Pinder, T. / Schirmer, H. / Schirmer, I. / Vonzabern, I.
#9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1973
タイトル: Low Resolution Structure of Adenylate Kinase
著者: Schulz, G.E. / Biedermann, K. / Kabsch, W. / Schirmer, R.H.
#10: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure,Supplement 2
年: 1976
履歴
登録1987年11月19日処理サイト: BNL
置き換え1988年1月16日ID: 2ADK
改定 1.01988年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700SHEET SPECIFICATION OF THE HELICES AND SHEET STRANDS IS PROVIDED IN THE PUBLICATION CITED ON THE ...SHEET SPECIFICATION OF THE HELICES AND SHEET STRANDS IS PROVIDED IN THE PUBLICATION CITED ON THE *JRNL* RECORDS ABOVE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8913
ポリマ－21,6991
非ポリマー1922
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.500, 48.500, 141.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Atom site foot note1: RESIDUE 96 IS A CIS PROLINE.

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要素

#1: タンパク質 ADENYLATE KINASE


分子量: 21699.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00571, adenylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.9 / 手法: unknown / 詳細: Schulz, G.E., (1973) J.Mol.Biol., 80, 857.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 MTris-maleate11
22.4 Mammonium sulfate11
30.7 mMprotein12

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 11518

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.1→10 Å / Rfactor Rwork: 0.193
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1519 0 10 0 1529
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 10962
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg3.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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