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万見
- PDB-3ad8: Heterotetrameric Sarcosine Oxidase from Corynebacterium sp. U-96 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ad8
タイトルHeterotetrameric Sarcosine Oxidase from Corynebacterium sp. U-96 in complex with pyrrole 2-carboxylate
要素(SARCOSINE OXIDASE ...) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / Sarcosine Oxidase / Ligand Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sarcosine oxidase (5,10-methylenetetrahydrofolate-forming) / sarcosine catabolic process / sarcosine oxidase activity / tetrahydrofolate metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Folate-binding fold / Folate-binding superfamily / Heterotetrameric sarcosine oxidase / Sarcosine oxidase, alpha subunit / Sarcosine oxidase subunit beta / Sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric / Sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric / Sarcosine oxidase, gamma subunit / Sarcosine oxidase subunit delta superfamily / Sarcosine oxidase, delta subunit family ...Folate-binding fold / Folate-binding superfamily / Heterotetrameric sarcosine oxidase / Sarcosine oxidase, alpha subunit / Sarcosine oxidase subunit beta / Sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric / Sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric / Sarcosine oxidase, gamma subunit / Sarcosine oxidase subunit delta superfamily / Sarcosine oxidase, delta subunit family / Sarcosine oxidase, gamma subunit family / SoxA, A3 domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain, N-terminal / Sarcosine oxidase A3 domain / FAD dependent oxidoreductase / Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1 / Aminomethyltransferase-like / Aminomethyltransferase, folate-binding domain / Aminomethyltransferase folate-binding domain / GTP-binding protein TrmE/Aminomethyltransferase GcvT, domain 1 / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / Rhodanese-like domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Gyrase A; domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PYRROLE-2-CARBOXYLATE / Sarcosine oxidase subunit gamma / Sarcosine oxidase subunit alpha / Sarcosine oxidase subunit delta / Sarcosine oxidase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium sp. U-96 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Suzuki, H. / Moriguchi, T. / Ida, K.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2010
タイトル: Channeling and conformational changes in the heterotetrameric sarcosine oxidase from Corynebacterium sp. U-96.
著者: Moriguchi, T. / Ida, K. / Hikima, T. / Ueno, G. / Yamamoto, M. / Suzuki, H.
履歴
登録2010年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月4日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SARCOSINE OXIDASE ALPHA SUBUNIT
B: SARCOSINE OXIDASE BETA SUBUNIT
C: SARCOSINE OXIDASE GAMMA SUBUNIT
D: SARCOSINE OXIDASE DELTA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,00521
ポリマ－179,7724
非ポリマー3,23417
水18,3751020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16380 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area56020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.796, 198.796, 196.819
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1161-

HOH

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要素

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SARCOSINE OXIDASE ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 SARCOSINE OXIDASE ALPHA SUBUNIT


分子量: 102850.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium sp. U-96 (バクテリア)
遺伝子: soxA / プラスミド: PET31B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q50LF0
#2: タンパク質 SARCOSINE OXIDASE BETA SUBUNIT


分子量: 44048.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium sp. U-96 (バクテリア)
遺伝子: soxB / プラスミド: PET31B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q50LF2, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming)
#3: タンパク質 SARCOSINE OXIDASE GAMMA SUBUNIT


分子量: 21427.186 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 11-205 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium sp. U-96 (バクテリア)
遺伝子: soxG / プラスミド: PET31B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q50LE9
#4: タンパク質 SARCOSINE OXIDASE DELTA SUBUNIT


分子量: 11445.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium sp. U-96 (バクテリア)
遺伝子: soxD / プラスミド: PET31B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q50LF1

-
非ポリマー , 7種, 1037分子

#5: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#8: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#9: 化合物 ChemComp-PYC / PYRROLE-2-CARBOXYLATE / 1H-ピロ-ル-2-カルボキシラ-ト


分子量: 110.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4NO2
#10: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1020 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M TRIS-HCL, 1.9M AMMONIUM SULFATE, 10MM CUSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1.00817 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00817 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→61.78 Å / Num. obs: 115711 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.233 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Rsym value: 0.233 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X31

1x31


解像度: 2.2→61.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.847 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20606 5799 5 %RANDOM
Rwork0.16102 ---
obs0.16326 109866 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.783 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→61.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12519 0 197 1020 13736
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.02212981
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.851.96317695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.95651649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.78623.783571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.301151988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4551593
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.21985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0219939
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0051.58182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.789213067
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2234799
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8244.54628
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 413 -
Rwork0.173 8041 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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