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万見
- PDB-3aai: X-ray crystal structure of CsoR from Thermus thermophilus HB8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aai
タイトルX-ray crystal structure of CsoR from Thermus thermophilus HB8
要素Copper homeostasis operon regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION / All alpha proteins / 4-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Metal-sensitive repressor, helix protomer / Metal-sensitive transcriptional repressor / Metal-sensitive repressor, helix protomer superfamily / Metal-sensitive transcriptional repressor / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper-sensing transcriptional repressor CsoR
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sakamoto, K. / Agari, Y. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S.
引用ジャーナル: Microbiology / 年: 2010
タイトル: Structural and functional characterization of the transcriptional repressor CsoR from Thermus thermophilus HB8
著者: Sakamoto, K. / Agari, Y. / Agari, K. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A.
履歴
登録2009年11月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper homeostasis operon regulatory protein
B: Copper homeostasis operon regulatory protein
C: Copper homeostasis operon regulatory protein
D: Copper homeostasis operon regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2734
ポリマ－44,2734
非ポリマー00
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10550 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area15770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.198, 63.198, 81.033
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Copper homeostasis operon regulatory protein / Transcriptional repressor CsoR


分子量: 11068.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHA1719 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q5SHL1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 5% MPD, 4.25M Na Formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9787, 0.9, 0.9793
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月18日
詳細: A fixed exit Si double crystal monochromator followed by a two dimensional focusing mirror which is coated in rhodium.
放射モノクロメーター: Fixed exit Si double crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97871
20.91
30.97931
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 21026 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 29.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 55.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 1098 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→22.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1219833.92 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 2074 9.9 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.244 20995 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 91.2801 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.45 Å20 Å20 Å2
2---2.45 Å20 Å2
3---4.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→22.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2421 0 0 99 2520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d14.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.59
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.751.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.152.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 340 9.9 %
Rwork0.25 3087 -
obs--98.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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