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万見
- PDB-3aac: Small heat shock protein hsp14.0 with the mutations of I120F and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aac
タイトルSmall heat shock protein hsp14.0 with the mutations of I120F and I122F in the form II crystal
要素Putative uncharacterized protein ST1653
キーワードCHAPERONE / alpha-crystallin domain
機能・相同性Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Small heat shock protein StHsp14.0
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Takeda, K. / Hayashi, T. / Abe, T. / Hirano, Y. / Hanazono, Y. / Yohda, M. / Miki, K.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Dimer structure and conformational variability in the N-terminal region of an archaeal small heat shock protein, StHsp14.0
著者: Takeda, K. / Hayashi, T. / Abe, T. / Hirano, Y. / Hanazono, Y. / Yohda, M. / Miki, K.
履歴
登録2009年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22011年12月7日Group: Database references
改定 1.32019年12月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein ST1653
B: Putative uncharacterized protein ST1653


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2652
ポリマ－28,2652
非ポリマー00
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.564, 69.564, 49.724
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein ST1653 / small heat shock protein hsp14.0


分子量: 14132.262 Da / 分子数: 2 / 変異: I120F, I122F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: 7 / 遺伝子: ST1653 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q970D9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.21 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 40% ethylene glycol, 200mM zinc acetate, 100mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月21日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 8995 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 39.187 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 828 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4→34.97 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.688 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 432 4.81 %RANDOM
Rwork0.245 8556 --
obs-8988 95 %-
溶媒の処理Bsol: 51.006 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 59.61 Å2 / Biso mean: 19.87 Å2 / Biso min: 3.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-37.508 Å20 Å20 Å2
2--37.508 Å20 Å2
3---21.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→34.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1908 0 0 19 1927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4941
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4421
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.0741

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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