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万見
- PDB-3a9v: Crystal structures and enzymatic mechanisms of a Populus tomentos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a9v
タイトルCrystal structures and enzymatic mechanisms of a Populus tomentosa 4-coumarate--CoA ligase
要素4-coumarate--CoA ligase
キーワードLIGASE / 4-coumate--CoA ligase / 4CL / phenylpropanoid pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


4-coumarate-CoA ligase / phenylpropanoid metabolic process / CoA-ligase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 ...ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / 4-coumarate--CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Populus tomentosa (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hu, Y.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of a Populus tomentosa 4-coumarate:CoA ligase shed light on its enzymatic mechanisms
著者: Hu, Y. / Gai, Y. / Yin, L. / Wang, X. / Feng, C. / Feng, L. / Li, D. / Jiang, X.N. / Wang, D.C.
履歴
登録2009年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月29日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-coumarate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9552
ポリマ－58,6081
非ポリマー3471
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.340, 162.340, 162.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 4-coumarate--CoA ligase


分子量: 58607.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Populus tomentosa (植物) / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q941M3, 4-coumarate-CoA ligase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.56 % / Mosaicity: 0.677 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein solution: 20mg/ml of Pt4CL1, 50mM Tris pH 7.5, 10%(v/v) glycerol, 0.1M NaCl, 10mM AMP, 2mM DTT, 1mM EDTA, precipitate solution: 50mM MES pH 6.0, 1.8M ammonium citrate, VAPOR ...詳細: Protein solution: 20mg/ml of Pt4CL1, 50mM Tris pH 7.5, 10%(v/v) glycerol, 0.1M NaCl, 10mM AMP, 2mM DTT, 1mM EDTA, precipitate solution: 50mM MES pH 6.0, 1.8M ammonium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→114.792 Å / Num. all: 24749 / Num. obs: 24708 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 13811 / Num. unique all: 3556 / Rsym value: 0.381 / % possible all: 99.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.8 Å11.97 Å
Translation3.8 Å11.97 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A9U

3a9u


解像度: 2.5→51.34 Å / 交差検証法: R-free / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1258 5.1 %random
Rwork0.204 ---
all-24749 --
obs-24675 99.7 %-
溶媒の処理Bsol: 37.561 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 28.698 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→51.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4047 0 23 124 4194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.302
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION44clxd.param
X-RAY DIFFRACTION5amp.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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