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万見
- PDB-3a9u: Crystal structures and enzymatic mechanisms of a Populus tomentos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a9u
タイトルCrystal structures and enzymatic mechanisms of a Populus tomentosa 4-coumarate--CoA ligase
要素4-coumarate--CoA ligase
キーワードLIGASE / enzymatic mechanism / phenylpropanoid pathway / 4-coumarate--CoA ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


4-coumarate-CoA ligase / phenylpropanoid metabolic process / CoA-ligase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase ...Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Roll / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-coumarate--CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Populus tomentosa (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hu, Y.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of a Populus tomentosa 4-coumarate:CoA ligase shed light on its enzymatic mechanisms
著者: Hu, Y. / Gai, Y. / Yin, L. / Wang, X. / Feng, C. / Feng, L. / Li, D. / Jiang, X.N. / Wang, D.C.
履歴
登録2009年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月29日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-coumarate--CoA ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6081
ポリマ－58,6081
非ポリマー00
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.738, 78.739, 118.787
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 4-coumarate--CoA ligase


分子量: 58607.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Populus tomentosa (植物) / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q941M3, 4-coumarate-CoA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: Protein solution: 50mM Tris pH 7.5, 10%(v/v) glycerol, 0.1M NaCl, 2mM DTT, 1mM EDTA, precipitate solution: 50mM CAPSO pH 9.8, 35%(w/v) PEG8000, 0.25M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
2901
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンBSRF 3W1A10.9791
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A21
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1micro-channel double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2micro-channel double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
211
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 19643 / Num. obs: 19643 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 12.9 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 38.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 12.5 % / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / Num. unique all: 1724 / Rsym value: 0.287 / % possible all: 87.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.1 Å39.51 Å
Translation3.1 Å39.51 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 907 4.6 %random
Rwork0.192 ---
obs-18828 96 %-
溶媒の処理Bsol: 43.931 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 28.737 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.717 Å20 Å20 Å2
2--1.426 Å20 Å2
3---1.291 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3946 0 0 243 4189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.36
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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