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万見
- PDB-3a9t: X-ray Structure of Bacillus pallidus D-Arabinose Isomerase Comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a9t
タイトルX-ray Structure of Bacillus pallidus D-Arabinose Isomerase Complex with L-Fucitol
要素D-arabinose isomerase
キーワードISOMERASE / Rossmann fold / bete barrel / Carbohydrate metabolism / Cytoplasm / Fucose metabolism / Manganese / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


L-fucose isomerase / L-fucose isomerase activity / arabinose isomerase activity / D-arabinose catabolic process / L-fucose catabolic process / manganese ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-fucose Isomerase; Chain A, domain 3 / L-fucose/L-arabinose isomerase, C-terminal / L-fucose Isomerase; Chain A, domain 2 / L-fucose Isomerase; Chain A, domain 2 / Rossmann fold - #1070 / L-fucose isomerase / L-fucose isomerase, N-terminal-1 / L-fucose isomerase, N-terminal-2 / L-fucose isomerase, C-terminal / L-fucose isomerase, domain 1 superfamily ...L-fucose Isomerase; Chain A, domain 3 / L-fucose/L-arabinose isomerase, C-terminal / L-fucose Isomerase; Chain A, domain 2 / L-fucose Isomerase; Chain A, domain 2 / Rossmann fold - #1070 / L-fucose isomerase / L-fucose isomerase, N-terminal-1 / L-fucose isomerase, N-terminal-2 / L-fucose isomerase, C-terminal / L-fucose isomerase, domain 1 superfamily / L-fucose isomerase, domain 2 superfamily / L-fucose isomerase, domain 3 superfamily / L-fucose isomerase, C-terminal domain / L-fucose isomerase, first N-terminal domain / L-fucose isomerase, second N-terminal domain / L-fucose/L-arabinose isomerase, C-terminal / L-fucose isomerase, N-terminal/central domain superfamily / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FUCITOL / : / L-fucose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus pallidus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Takeda, K. / Yoshida, H. / Izumori, K. / Kamitori, S.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2010
タイトル: X-ray structures of Bacillus pallidusd-arabinose isomerase and its complex with l-fucitol.
著者: Takeda, K. / Yoshida, H. / Izumori, K. / Kamitori, S.
履歴
登録2009年11月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年1月29日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-arabinose isomerase
B: D-arabinose isomerase
C: D-arabinose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,48812
ポリマ－198,6603
非ポリマー8289
水21,0241167
1
A: D-arabinose isomerase
B: D-arabinose isomerase
C: D-arabinose isomerase
ヘテロ分子

A: D-arabinose isomerase
B: D-arabinose isomerase
C: D-arabinose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)398,97724
ポリマ－397,3206
非ポリマー1,65618
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area46480 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area96990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.858, 127.672, 110.202
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 D-arabinose isomerase


分子量: 66220.047 Da / 分子数: 3 / 変異: E225G, N589K, F590L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus pallidus (バクテリア)
株: 14a / 遺伝子: dai / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: C0SSE7, D-arabinose isomerase
#2: 化合物 ChemComp-FOC / FUCITOL / L-フシト-ル


分子量: 166.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O5
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM citrate buffer pH 6.0, 20% (w/v) PEG 3000, 90mM potassium sodium tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月26日
放射モノクロメーター: Si(1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 62423 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 6075 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FUI

1fui


解像度: 2.61→47.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 62009.08 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 5892 10.2 %RANDOM
Rwork0.161 ---
all0.167 ---
obs0.161 57948 92 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.4654 Å2 / ksol: 0.331076 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.8 Å20 Å20 Å2
2---5.8 Å20 Å2
3---13.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→47.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13812 0 39 1167 15018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 440 10 %
Rwork0.2 3946 -
obs--70.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION5glycerol.parampsicose.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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