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- PDB-3a78: Crystal structure of the human VDR ligand binding domain bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a78
タイトルCrystal structure of the human VDR ligand binding domain bound to the natural metabolite 1alpha,25-dihydroxy-3-epi-vitamin D3
要素Vitamin D3 receptor
キーワードGENE REGULATION / TRANSCRIPTION / Disease mutation / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Receptor / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / response to bile acid / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / phosphate ion transmembrane transport / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding ...regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / response to bile acid / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / phosphate ion transmembrane transport / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding / bile acid nuclear receptor activity / positive regulation of keratinocyte differentiation / vitamin D receptor signaling pathway / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / intestinal absorption / mammary gland branching involved in pregnancy / decidualization / negative regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of bone mineralization / retinoic acid receptor signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / lactation / skeletal system development / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / cell morphogenesis / Nuclear Receptor transcription pathway / intracellular calcium ion homeostasis / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / calcium ion transport / cell differentiation / receptor complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3EV / Vitamin D3 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sato, Y. / Sigueiro, R. / Antony, P. / Rochel, N. / Moras, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis of the activation of the human Vitamin D receptor by the natural metabolite 1alpha,25-dihydroxy-3-epi-vitamin D3
著者: Molnar, F. / Sigueiro, R. / Sato, Y. / Antony, P. / Mourino, A. / Rochel, N. / Moras, D.
履歴
登録2009年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月16日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4144
ポリマ－29,8051
非ポリマー6093
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.889, 51.120, 132.196
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 29805.342 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11473
#2: 化合物 ChemComp-3EV / (1S,3S,5Z,7E,14beta,17alpha)-9,10-secocholesta-5,7,10-triene-1,3,25-triol / 1alpha,25-dihydroxy-3-epi-vitamin D3


分子量: 416.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN HAS BEEN GENETICALLY ENGINEERED TO LACK RESIDUES 165-215.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10mM Tris, 100mM NaCl, 1mM TCEP, 0.05M Mes, 0.7M ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.975531 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月20日
放射モノクロメーター: Si(111) or Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975531 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48 Å / Num. all: 24544 / Num. obs: 23145 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3268 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DB1

1db1


解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 2.794 / SU ML: 0.084 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20307 1169 5.1 %RANDOM
Rwork0.17231 ---
obs0.17385 21954 93.46 %-
all-23481 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2026 0 40 369 2435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.132.0092884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2845264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.7924.18686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.83215389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.5021512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.21212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21509
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1120.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.249
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5021.51337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.85822110
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2923869
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0274.5768
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 79 -
Rwork0.22 1569 -
obs-1648 91.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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