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- PDB-3a66: Crystal structure of 6-aminohexanoate-dimer hydrolase S112A/G181D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a66
タイトルCrystal structure of 6-aminohexanoate-dimer hydrolase S112A/G181D/H266N/D370Y mutant with substrate
要素6-AMINOHEXANOATE-DIMER HYDROLASE
キーワードHYDROLASE / NYLON DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


6-aminohexanoate-oligomer exohydrolase / 6-aminohexanoate-dimer hydrolase activity / nylon catabolic process
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #710 / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-AMINOHEXANOIC ACID / 6-aminohexanoate-dimer hydrolase / 6-aminohexanoate-dimer hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kawashima, Y. / Shibata, N. / Higuchi, Y. / Takeo, M. / Negoro, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Enzymatic Synthesis of Nylon-6 Units in Organic Sol Contained Low-Water: Structural Requirement of 6-Aminohexanoate-Dimer Hydrolase for Efficient Amid Synthesis
著者: Kawashima, Y. / Yasuhira, K. / Shibata, N. / Matsuura, Y. / Tanaka, Y. / Taniguchi, M. / Miyoshi, Y. / Takeo, M. / Kato, D. / Higuchi, Y. / Negoro, S.
履歴
登録2009年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月9日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.32023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-AMINOHEXANOATE-DIMER HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,11813
ポリマ－42,9061
非ポリマー1,21212
水7,206400
1
A: 6-AMINOHEXANOATE-DIMER HYDROLASE
ヘテロ分子

A: 6-AMINOHEXANOATE-DIMER HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,23626
ポリマ－85,8112
非ポリマー2,42524
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area11340 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area27010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.524, 96.524, 113.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-393-

HOH

21A-395-

HOH

31A-804-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 6-AMINOHEXANOATE-DIMER HYDROLASE / NYLON OLIGOMERS-DEGRADING ENZYME EII / NYLON OLIGOMERS-DEGRADING ENZYME EII'


分子量: 42905.574 Da / 分子数: 1 / 変異: S112A, G181D, H266N, D370Y / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHIMERA OF NYLON OLIGOMERS-DEGRADING ENZYME EII (RESIDUES 1-21) AND NYLON OLIGOMERS-DEGRADING ENZYME EII' (RESIDUES 22-392)
由来: (組換発現) Flavobacterium (バクテリア) / 株: K172
解説: Strain of the source organism is described KI72 in the first reference of the d atabase UniProtKB/Swiss-Prot P07061 (NYLB_FLASK) and P07062 (NYLC_FLASK).
遺伝子: nylB, NYLB' / プラスミド: PKP1500 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KP3998
参照: UniProt: P07061, UniProt: P07062, 6-aminohexanoate-oligomer exohydrolase

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非ポリマー , 5種, 412分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACA / 6-AMINOHEXANOIC ACID / AMINOCAPROIC ACID / 6-アミノヘキサン酸


タイプ: peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2 / コメント: 阻害剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細ACCORDING TO DEPOSITORS, ARG190 AND HIS191 ARE CORRECT AND SWISSPROT IS INCORRECT AT THESE POSITIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.3 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2.2M AMMONIUM SULFATE, 0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1M MES, PH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月28日
放射モノクロメーター: Confocal mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→27.99 Å / Num. obs: 79800 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 10 / 冗長度: 3.23 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.89 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
CNS1.2精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS1.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZM0

2zm0


解像度: 1.6→27.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 614650.02 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 7870 10 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 78616 97.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.3169 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å20 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2917 0 77 400 3394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 668 9.4 %
Rwork0.433 6422 -
obs--88.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4MES.PARAMSUB.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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