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- PDB-3a5t: Crystal structure of MafG-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a5t
タイトルCrystal structure of MafG-DNA complex
要素
  • 5'-D(*CP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*G)-3'
  • Transcription factor MafG
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / BZIP FACTOR / Acetylation / DNA-binding / Isopeptide bond / Nucleus / Repressor / Transcription / Transcription regulation / Ubl conjugation / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / regulation of epidermal cell differentiation / adult behavior / RNA polymerase II transcription regulator complex / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / in utero embryonic development / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of gene expression ...Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / regulation of epidermal cell differentiation / adult behavior / RNA polymerase II transcription regulator complex / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / in utero embryonic development / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor Maf family / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Transcription factor Maf family / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor MafG
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kurokawa, H. / Motohashi, H. / Sueno, S. / Kimura, M. / Takagawa, H. / Kanno, Y. / Yamamoto, M. / Tanaka, T.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural Basis of Alternative DNA Recognition by Maf Transcription Factors
著者: Kurokawa, H. / Motohashi, H. / Sueno, S. / Kimura, M. / Takagawa, H. / Kanno, Y. / Yamamoto, M. / Tanaka, T.
履歴
登録2009年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn ...database_2 / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor MafG
B: Transcription factor MafG
C: 5'-D(*CP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*TP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2475
ポリマ－34,2234
非ポリマー241
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.364, 185.243, 230.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor MafG / Mafg Transcription Factor / V-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene homolog G


分子量: 12521.845 Da / 分子数: 2 / 断片: BINDING DOMAIN, RESIDUES 21-123 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mafg / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: O54790
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*C)-3'


分子量: 4593.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*G)-3'


分子量: 4584.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.288576 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.44072 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M sodium acetate, 40mM magnesium chloride hexahydrate, 8% 2-methyl-2,4-pentandiol, 4mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.97939, 0.97898, 0.96416
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979391
20.978981
30.964161
反射解像度: 2.8→36.08 Å / Num. obs: 22101 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: -0.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 56.77 / Num. measured all: 284413
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.192 / Mean I/σ(I) obs: 11.91 / Num. unique all: 2016 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXDE位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→36.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 59212.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 2050 9.8 %RANDOM
Rwork0.261 ---
all-20843 --
obs-20843 94.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 17.7589 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 73.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--22.72 Å20 Å20 Å2
2---31.49 Å20 Å2
3---54.21 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.68 Å0.67 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→36.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1436 609 1 83 2129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.17
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.912.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.445 293 9.7 %
Rwork0.432 2734 -
obs--84.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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