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万見
- PDB-3a5f: High-resolution structure of DHDPS from Clostridium botulinum in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a5f
タイトルHigh-resolution structure of DHDPS from Clostridium botulinum in complex with pyruvate
要素Dihydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / TIM barrel / enzyme / Amino-acid biosynthesis / Diaminopimelate biosynthesis / Lysine biosynthesis / Schiff base
機能・相同性Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Clostridium botulinum A (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Atkinson, S.C. / Dobson, R.C.J. / Perugini, M.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The high resolution structure of DHDPS from Clostridium botulinum
著者: Dobson, R.C.J. / Atkinson, S.C.
履歴
登録2009年8月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月26日Group: Structure summary
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4264
ポリマ－63,2412
非ポリマー1842
水18,1411007
1
A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子

A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,8518
ポリマ－126,4834
非ポリマー3684
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
Buried area9130 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area38500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.358, 54.836, 94.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Dihydrodipicolinate synthase


分子量: 31620.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum A (ボツリヌス菌)
遺伝子: dapA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7FYA1, dihydrodipicolinate synthase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1007 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細KPI IS LYS MODIFIED WITH PYRUVIC ACID.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 200mM NaCl, 20%(w/v) PEG 3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→25.79 Å / Num. all: 188454 / Num. obs: 188454 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.19→1.25 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 27400 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BI8

3bi8
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.19→25.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 0.887 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13985 3773 2 %RANDOM
Rwork0.11234 ---
obs0.1129 184727 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.724 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0 Å2-0.14 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.19→25.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4403 0 12 1007 5422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0224689
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0761.9866404
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.42537747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1665639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.30826.667180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.99615874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7061511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2785
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0215180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2651.52985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0031.51211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.08424894
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.27131704
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7194.51479
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.1937784
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.19→1.221 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 246 -
Rwork0.166 13605 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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