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万見
- PDB-3a4h: Structure of cytochrome P450 vdh from Pseudonocardia autotrophica... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a4h
タイトルStructure of cytochrome P450 vdh from Pseudonocardia autotrophica (orthorhombic crystal form)
要素Vitamin D hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / vitamin D3 hydroxylase / hemoprotein / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


cholestanetriol 26-monooxygenase / cholestanetetraol 26-dehydrogenase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Vitamin D(3) 25-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudonocardia autotrophica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Yasutake, Y. / Fujii, Y. / Cheon, W.K. / Arisawa, A. / Tamura, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural evidence for enhancement of sequential vitamin D3 hydroxylation activities by directed evolution of cytochrome P450 vitamin D3 hydroxylase
著者: Yasutake, Y. / Fujii, Y. / Nishioka, T. / Cheon, W.K. / Arisawa, A. / Tamura, T.
履歴
登録2009年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1443
ポリマ－45,4881
非ポリマー6572
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.595, 65.793, 102.264
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D hydroxylase


分子量: 45487.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudonocardia autotrophica (バクテリア)
株: NBRC 12743 / 遺伝子: vdh / プラスミド: pTip-QC2 / 発現宿主: Rhodococcus erythropolis (バクテリア) / 株 (発現宿主): L88 / 参照: UniProt: C4B644
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 26% PEG1000, 0.1M Bis-tris, pH7.5, 50mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月22日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. all: 8366 / Num. obs: 8366 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 3.05→3.16 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 822 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A4G

3a4g


解像度: 3.06→45.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 23.252 / SU ML: 0.421 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.536 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26978 430 5.2 %RANDOM
Rwork0.21672 ---
obs0.21952 7852 97.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.138 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.82 Å20 Å20 Å2
2--7.4 Å20 Å2
3----3.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→45.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3094 0 44 0 3138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.962.0274384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3435399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.86923.217143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.49415518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3751532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022471
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.21481
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.22170
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3231.52043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.58523226
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4631295
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8134.51156
LS精密化 シェル解像度: 3.058→3.138 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 45 -
Rwork0.308 546 -
obs--96.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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