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- PDB-3a3v: Crystal structure of reducing-end-xylose releasing exo-oligoxylan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a3v
タイトルCrystal structure of reducing-end-xylose releasing exo-oligoxylanase Y198F mutant
要素Xylanase Y
キーワードHYDROLASE / Xylan degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide reducing-end xylanase / oligosaccharide reducing-end xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 8 / Glycosyl hydrolases family 8 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Reducing end xylose-releasing exo-oligoxylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Hidaka, M. / Fushinobu, S. / Honda, Y. / Kitaoka, M.
引用
ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2010
タイトル: Structural explanation for the acquisition of glycosynthase activity
著者: Hidaka, M. / Fushinobu, S. / Honda, Y. / Wakagi, T. / Shoun, H. / Kitaoka, M.
#1: ジャーナル: Glycobiology / 年: 2008
タイトル: Alternative strategy for converting an inverting glycoside hydrolase into a glycosynthase
著者: Honda, Y. / Fushinobu, S. / Hidaka, M. / Wakagi, T. / Shoun, H. / Taniguchi, H. / Kitaoka, M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The first glycosynthase derived from an inverting glycoside hydrolase
著者: Honda, Y. / Kitaoka, M.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for the specificity of the reducing end xylose-releasing exo-oligoxylanase from Bacillus halodurans C-125
著者: Fushinobu, S. / Hidaka, M. / Honda, Y. / Wakagi, T. / Shoun, H. / Kitaoka, M.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase from Bacillus halodurans C-125
著者: Honda, Y. / Fushinobu, S. / Hidaka, M. / Wakagi, T. / Shoun, H. / Kitaoka, M.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: A family 8 glycoside hydrolase from Bacillus halodurans C-125 (BH2105) is a reducing end xylose-releasing exo-oligoxylanase
著者: Honda, Y. / Kitaoka, M.
履歴
登録2009年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylanase Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5406
ポリマ－46,1131
非ポリマー4275
水9,296516
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.191, 86.207, 87.729
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Xylanase Y / reducing-end-xylose releasing exo-oligoxylanase


分子量: 46112.801 Da / 分子数: 1 / 変異: K2E,Y198F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
株: C-125 / 遺伝子: BH2105 / プラスミド: PET28B-BH2105 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD(DE3)
参照: UniProt: Q9KB30, oligosaccharide reducing-end xylanase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG4000, SODIUM ACETATE, GLYCEROL, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月11日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111)double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→50 Å / Num. all: 81959 / Num. obs: 81761 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 32.1
反射 シェル解像度: 1.39→1.44 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 97.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WU4

1wu4


解像度: 1.39→45.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.19 / WRfactor Rwork: 0.17 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.888 / SU R Cruickshank DPI: 0.06 / SU Rfree: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 4098 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.178 81677 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.25 Å2 / Biso mean: 14.73 Å2 / Biso min: 5.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.1439 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→45.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3084 0 25 516 3625
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1631.9294344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4395375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.13424.022179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.82915486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0551517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5961.51866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10222976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64131342
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5284.51368
LS精密化 シェル解像度: 1.39→1.426 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 307 -
Rwork0.259 5624 -
all-5931 -
obs--99.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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