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- PDB-3a3c: Crystal structure of TIM40/MIA40 fusing MBP, C296S and C298S mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a3c
タイトルCrystal structure of TIM40/MIA40 fusing MBP, C296S and C298S mutant
要素Maltose-binding periplasmic protein, LINKER, Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Mitochondrion / inner membrane space / membrane / disulfide bond transfer / alpha helices / Sugar transport / Transport / Mitochondrion inner membrane / Phosphoprotein / Signal-anchor / Transit peptide / Translocation / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


thiol oxidase activity / : / protein import into mitochondrial intermembrane space / protein disulfide isomerase activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / protein-disulfide reductase activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding ...thiol oxidase activity / : / protein import into mitochondrial intermembrane space / protein disulfide isomerase activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / protein-disulfide reductase activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / protein folding / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / DNA damage response / mitochondrion / membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2900 / Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40 / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein ...Helix Hairpins - #2900 / Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40 / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kawano, S. / Naoe, M. / Momose, T. / Watanabe, N. / Endo, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural basis of yeast Tim40/Mia40 as an oxidative translocator in the mitochondrial intermembrane space.
著者: Kawano, S. / Yamano, K. / Naoe, M. / Momose, T. / Terao, K. / Nishikawa, S. / Watanabe, N. / Endo, T.
履歴
登録2009年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年7月16日Group: Database references
改定 1.32017年6月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein, LINKER, Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0562
ポリマ－49,7141
非ポリマー3421
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.527, 101.837, 109.613
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein, LINKER, Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40 / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Mitochondrial import inner membrane translocase TIM40


分子量: 49713.805 Da / 分子数: 1 / 変異: C296S, C298S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FUSION PROTEIN OF MMBP (UNP RESIDUES 29-392), LINKER (NSSSVPGRGSIEGRPEF), MITOCHONDRIAL IMPORT INNER MEMBRANE TRANSLOCASE TIM40 (UNP RESIDUES 284-353)
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: MIA40, TIM40, YKL195W / プラスミド: PMAL-C2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA (DE3) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: P36046
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE FUSION PROTEIN OF MMBP (UNP RESIDUES 29-392), LINKER (NSSSVPGRGSIEGRPEF), MITOCHONDRIAL IMPORT ...THE FUSION PROTEIN OF MMBP (UNP RESIDUES 29-392), LINKER (NSSSVPGRGSIEGRPEF), MITOCHONDRIAL IMPORT INNER MEMBRANE TRANSLOCASE TIM40 (UNP RESIDUES 284-353)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100mM K-acetate, 200 mM NH4-acetate, 30% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2009年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 16430 / Num. obs: 15266 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rsym value: 0.138
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 9.5 / Num. unique all: 1519 / Rsym value: 0.626 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZXT

2zxt


解像度: 2.5→30.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 177067.3 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 746 4.9 %RANDOM
Rwork0.254 ---
obs0.254 15266 91.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.1652 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.9 Å20 Å20 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3----14.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3506 0 23 70 3599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.053 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.493 85 4.1 %
Rwork0.363 2004 -
obs--76.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION3mal_xplor.parammal_xplor.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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